Tras estrellarse su avioneta, Wario se encuentra con una caja de música que lo transporta a un mundo en su interior. Allí lo recibe el dios de ese mundo, que le pide que recolecte cinco cajas de música para recuperar su poder. Wario tendrá que recorrer los niveles para abrir los cofres del tesoro que allí se encuentran. En cada nivel habrá cuatro cofres y cada uno tendrá su llave correspondiente que deberás encontrar para abrirlo. Las cinco cajas de música se encontrarán en algunos de estos cofres pero éstos también guardarán objetos que abrirán el siguiente nivel, otorgarán a Wario más habilidades para poder acceder a zonas de los niveles a las que antes no podía o modificarán otro nivel para abrir en éste nuevos caminos.
Wario empezará este juego con un set de movimientos más limitados que en juegos anteriores, ya que la mayoría de habilidades que obtendrás ya las tenías de base en otros juegos de Wario. Al principio solo tendrás el salto y la embestida, teniendo que adquirir la habilidad de golpear el suelo, de lanzar enemigos y hasta de bucear. Los niveles tienen una estructura no lineal y están pensados para que vuelvas a ellos cuando adquieras una nueva habilidad con el fin de conseguir un cofre que antes era inaccesible.
Al igual que en Wario Land 2, en este juego los enemigos no podrán matarte aunque sí empujarte para atrás. Algunos enemigos causarán cambios de estado a Wario que en ocasiones le hará retroceder en el nivel pero en otras se pueden usar a tu favor para llegar a ciertas zonas del nivel. La mayoría de cambios de estado ya aparecieron en juego anterior pero se incluye la transformación a vampiro, que hará que Wario pueda adoptar la forma de murciélago y volar. Algunos cofres estarán resguardados por jefes a los que tendrás que derrotar, pero éstos tendrán un ataque que causará a Wario un cambio de estado que expulsará a Wario de la batalla y tendrás que empezar la batalla de nuevo con solo recibir un golpe.
Este juego dispone de textos en castellano.
