Demonios procedentes del mundo de Makai han llegado para invadir y Reimu se adentrará en Makai para investigar la razón, teniendo que luchar contra las guardianas de ese mundo para poder seguir adentrándose en ese mundo. Marisa, Mima y Yuuka también se adentran en Makai para investigar, cada una con sus propios motivos. En este juego podrás elegir controlar a uno de los cuatros personajes que investigan en Makai, cada uno con un patrón de disparos y unas subarmas distintos.

Este juego tiene textos en japonés pero cuenta con una traducción al inglés hecha por fans. Podéis descargar el juego con el parche al inglés en archive.org.