En Edith, capital de Calvard, hay un asesino en serie suelto que tiene como objetivo a miembros del ejército y de organizaciones criminales. Este asesino usa una armadura de bestia parecida a la de Van pero de un color carmesí y es acompañado por un ser parecido a Mare, así que Elaine, amiga de la infancia de Van y bracer de alto rango, acude a Van para investigar en conjunto este caso y que Van deje de ser sospechoso. Cuando confrontan a la bestia carmesí ésta mata a Elaine lo que hace que el Genesis que portaba Van se active y su conciencia vuelva atrás en el tiempo, lo que le permite volver a enfrentarse a la bestia esta vez con refuerzos y sin que nadie muera.

A Van le llega la información de algo llamado el legado de Almata y tendrá que dejar la capital para investigarlo para asegurarse de que la organización criminal no cause más daño después de haber sido disuelta. Mientras esté fuera le sustituirán en su trabajo de sprigan Swin y Nadia, quienes también están en el negocio y quieren que, a cambio, Van les ayude a buscar a alguien, pero en la capital Swin y Nadia se acabarán topando con el asesino en serie, quien usa el octavo y último Génesis para su transformación. Al principio de los actos I y II podrás elegir entre ver primero la parte de la historia protagonizada por Van o la que lo está por Swin y Nadia. Tanto Van como Swin y Nadia portan un genesis para usar su poder en caso de que un desenlace fatal ocurra, siendo muy habitual en este juego el tener que viajar atrás en el tiempo para impedir una tragedia. Cuando tengas que viajar en el tiempo se abrirá un menú que mostrará las lineas temporales y sus bifurcaciones pero, como el juego hace obvio donde hay que saltar en el tiempo y que hay que hacer para evitar el fatal desenlace, esta mecánica es un simple trámite para lo que en realidad es un recurso narrativo.

Al asesino en serie se une Harwood el Rompejuramentos, uno de los siete altos ejecutivos de Ouroboros, con tal de cumplir con sus objetivos. Harwood ha robado cierto objeto peligroso a Ouroboros cuando se marchó de la organización, así que Ouroboros le manda agentes para su captura y la recuperación de lo robado. Harwood llegará a invitar a Van y a los miembros de Arkride Solutions, junto a otros personajes de distintas facciones, a una isla paradisíaca en lo que es una trampa mal disimulada. Harwood usará todo su poder de manipulación para hacer que las distintas facciones se enfrenten a Van y compañía mientras que este grupo acaba descubriendo el oscuro secreto de la isla, acabando por la revelación por parte de Harwood del secreto de uno de los miembros de Arkride Solutions y con cierta señorita viendose obligada por el despreciable Rompejuramentos a enfrentarse a su horrible trauma de la infancia, el cual la llena de vergüenza.

El sistema de combate de acción ha recibido unas cuantas mecánicas más. Ahora podrás usar artes en este modo, estando el arte que use cada personaje en este modo determinada por el Driver de artes que tengan equipado. La otra mecánica nueva es que, si esquivas en el momento justo, podrás hacer que otro personaje que esté cerca contraataque, cambiando el personaje que controlas a éste. En el sistema por turnos se ha limitado el uso de la técnica definitiva a una sola vez cada vez que se aplique el Boost, teniendo que esperar a que primero se acabe el Boost de un personaje y volver a aplicárselo para volver a usar la técnica definitiva. Además de este cambio, se ha añadido la mecánica de que, cuando aturdes a un enemigo, si tu personaje tiene el Boost activado, al realizar un ataque conjunto con otro personaje, los dos personajes realizarán un ataque combinado especial.

Este juego cuenta con textos y voces en inglés y japonés.