Los Pokemon son criaturas que habitan en este mundo y ciertas personas las capturan con tal de usaralas para combatir. En este juego tomarás el papel de un niño que recibe su primer Pokemon y emprenderá un viaje con tal de convertirse en el campeón de la liga Pokemon, para lo que deberá primero recorrer la región de Kanto con tal de llegar a los 8 gimnasios Pokemon que están repartidos en distintas ciudades y vencer allí a sus líderes para ganar sus medallas. Podrás capturar a los Pokemon salvajes que te encuentres para formar un equipo, teneindo a tu disposición 151 Pokemon diferentes.
A la hora de combatir este juego es un RPG por turnos en el que los Pokemon se enfrentarán uno contra uno. Cuando empiece una batalla será el Pokemon al que le hayas asignado la primera posición en el menú de Pokemon el que tu personaje enviará a luchar. Cada Pokemon puede aprender solo cuatro movimientos que pueden tener efectos ofensivos, de subida y bajada de ataque y de cambio de estado. Algunos movimientos ofensivos tienen una pequeña posibilidad de causar bajada de cierta estadística o un efecto de estado. Ciertos ataques necesitan de dos turnos para cargarse, aunque algunos de estos ataques, como volar o excavar, hacen que el primer turno el Pokemon sea casi invulnerable, solo pudiendo ser alcanzado por unos movimientos muy concretos. Los Pokemon aprenden nuevos movimientos al alcanzar cierto nivel y, si ya han aprendido cuatro movimientos, deberás elegir entre que olvide uno de los viejos o renunciar a aprender el nuevo. Cada movimiento tiene un número de usos limitado que dependerá del movimiento en cuestión, teniendo los movimientos más poderosos menos usos. Estos usos se restaurarán al llevar a tus pokemon a un centro Pokemon, que hay en cada ciudad y restablecerán la salud de tus Pokemon por completo de forma totalmente gratuita. Además de usar los movimientos de tus Pokemon puedes gastar tu turno usando un objeto o cambiando de Pokemon. Mientras que al usar un movimiento será el Pokemon más rápido el que actúe primero, cambiar de Pokemon o usar un objeto son acciones que siempre se efectúan al principio del turno.
Tanto tus Pokemon como sus movimientos pueden ser de 15 tipos diferentes. Cada tipo tiene ventajas y desventajas contra otros tipos. Un ataque de un tipo que tenga ventaja contra el tipo del Pokemon que lo recibe causará el doble de daño y un ataque de un tipo que tenga desventaja causará la mitad. A su vez, si un Pokemon usa un ataque que sea de su tipo el daño se multiplicará por 1,5. Un Pokemon puede ser de uno o dos tipos. Las ventajas y desventajas de los dos tipos de un Pokemon se tienen en cuenta al recibir un ataque: si un tipo tiene ventaja y el otro desventaja el daño recibido es normal, si los dos tipos tienen desventaja el daño se multiplica por 4 y si los dos tipos tienen ventaja el daño se divide entre 4. También habrá tipos que harán a un pokemon completamente inmune a los movimientos de ciertos tipos. Los ataques pueden ser físicos o especiales. Mientras que el ataque y defensa físicos de un Pokemon son estadísticas separadas, el ataque y defensa especial se engloban en una sola estadística, el especial. Lo que determina si un ataque es físico o especial es su tipo.
Las ciudades de la región de Kanto están conectadas por rutas donde podrás encontrar Pokemon salvajes y a contrincantes que te desafiarán a un combate pokemon. En las rutas los Pokemon solo te aparecerán cuando atravieses zonas de hierba alta y lo harán en forma de encuentros aleatorios. Para capturar a un Pokemon deberás usar pokeballs y habrá una posibilidad de que sea capturado con éxito. Para mejorar las posibilidades de captura deberás disminuir su salud y causarle un efecto de estado, pero ten cuidado de no vaciarle la barra de salud por completo o el combate acabará y no podrás capturarlo. Solo podrás llevar un máximo de seis Pokemon encima. Los Pokemon que captures se transportarán a una caja dentro de un PC al que podrás acceder desde un centro Pokemon. Podrás causar encuentros con Pokemon acuáticos usando una caña de pescar en la orilla de una masa de agua. Cuando un Pokemon pique te enfrentarás a él en combate. La primera caña que obtendrás, la caña vieja, solo podrá pescar Magicarps, un Pokemon completamente inútil hasta que evoluciona en el nivel 20 a Gyarados, pero con la caña buena y la super caña podrás pescar más tipos de Pokemon, habiendo ciertos Pokemon que solo podrás conseguir de este modo. Los contrincantes que están esperándote en las rutas para desafiarte a un combate lo harán en cuanto pases por delante de su línea de visión. No podrás huir de uno de estos combates y recibirás dinero al ganar, pero lo perderás si te derrotan. Tampoco podrás capturar los pokemon de tus contrincantes, ya que se considera robar. Además de las rutas, para llegar a ciertas ciudades deberás atravesar cuevas, donde los encuentros aleatorios con Pokemons salvajes ocurrirán en toda su superficie. En ciertas ocasiones necesitarás que tus Pokemons sepan ciertos movimientos para avanzar por ciertas zonas. Estos movimientos se enseñan utilizando una Máquina Oculta, las cuales te irás encontrando según avances en tu aventura. Esta máquina podrá enseñar a tus Pokemon el movimiento que contiene y podrá ser usada de forma ilimitada, pero estos movimientos no se pueden olvidar fácilmente. La única forma de hacerlo es acudir a la casa del Quita-Movimientos para que lo haga por tí. Para poder usar un movimiento de una Máquina Oculta fuera del combate deberás obtener la medalla del gimansio que te permita realizar dicho movimiento. Los movimientos de las primeras Máquinas Ocultas no son muy buenos, sobre todo más tarde en la aventura, pero los de las últimas son movimientos que te resultarán mut útiles en los combates. Estos movimientos son Corte, que te permitirá cortar arbolitos que te impiden el paso; Vuelo, que te llevará a una de las ciudades que hayas visitado anteriormente; Surf, que te permitirá atravesar masas de agua a lomos de un Pokemon; Fuerza, que te permitirá mover rocas, y Destello, que utilizarás para iluminar cierta cueva que está tan oscura que no te permite ver. Además de las Máquinas Ocultas irás encontrando Máquinas Técnicas, que también podrás usar para enseñar a un Pokemon el movimiento que contiene, pero son de un solo uso. Cada Pokemon tiene una lista de movimientos que puede aprender mediante máquinas.
Uno de los objetivos de este juego es capturar a todos los Pokemon y registrar sus datos en la Pokedex, una enciclopedia electrónica en blanco que te dió el profesor Oak, quien te da tu primer Pokemon, siendo uno de los objetivos del juego rellenar la Pokedex al completo. Cuando avistes a un Pokemon aparecerá en tu Pokedex su imagen y las zonas de la región donde habita y, cuando lo captures, se mostrará todos sus datos, incluyendo una breve descripción del Pokemon. Cuando este juego fue publicado lo hizo con dos ediciones, teniendo cada una un puñado de Pokemon que no se podían conseguir en la otra. Esto fue para promover la función que tenían este juego de intercambiar Pokemon mediante conectar dos Gameboys con el cable Link, haciendola imprescindible para completar la Pokedex. También se puede combatir usando el cable Link. Los Pokemon intercambiados subirán más rápido de nivel, pero te desobedecerán si su nivel es demasiado alto. Las medallas de gimnasio que vayas ganando te garantizarán que te obedezcan todos los Pokemon que tengan hasta cierto nivel.
Algunos Pokemon son capaces de evolucionar, es decir, de cambiar de forma al llegar a cierto nivel. Como mucho ciertos Pokemon tienen hasta tres formas y cada una de estas formas cuenta como un Pokemon distinto en la Pokedex. Cuando un Pokemon evoluciona su estadísticas aumentan, pero puedes evitar que un Pokemon evolucione pulsando un botón y éste volverá a intentarlo cuando vuelva a subir de nivel. La razón de evitar que un Pokemon evolucione es que en su forma anterior aprende antes ciertos movimientos que en su forma posterior. Habrá Pokemon que requieran para evolucionar en lugar de subir de nivel usar en ellos un tipo de piedra o que los intercambies con alguien.
En tu aventura te encontrarás con el Team Rocket, una organización criminal que se dedica a robar Pokemon y a usarlos en sus fechorías. En más de una ocasión se interpondrá en tu camino y te verás en la obligación de luchar para poder continuar con tu aventura. La organización está liderada por Giovani, uno de los mejores entrenadores de la región al que te tendrás que enfrentarte en varias ocasiones. También te tendrás que enfrentar varias veces en tu aventura con el nieto del profesor Oak, quien se convertirá en tu rival, estará siempre un paso delante de ti a la hora de convertirse en el campeón de la liga pokemon y te retará a un combate siempre que se tope contigo. Cada uno de los ochos gimnasios se especializa en un tipo de Pokemon y habrá en la entrada de cada gimnasio un señor que te comentará las ventajas y desventajas del tipo en el que se especializa el gimnasio. Los primeros gimnasios solo tendrán una serie de contrincantes que se interprondrán entre quien lidera el gimnasio y tú, pero luego a los gimnasios se les irá añadiendo puzzles para dificultarte llegar hasta su líder. Una vez que hayas conseguido todas las medallas de gimnasio podrás entrar en la liga Pokemon. Allí tendrás que enfrentarte a los cuatro miembros del Alto Mando y al campeón de la Liga Pokemon en batallas consecutivas cuya única forma de recuperarte entre batallas es usar objetos.
Tras el lanzamiento de las ediciones originales, Pokemon Verde y Rojo en Japón y Pokemon Rojo y Azul fuera de ese país, se lanzó la edición Pokemon Amarillo, a la que se hizo algunos cambios con tal de parecerse más a la serie de animación que adapta el juego, empezando con el rediseño de los sprites de ciertos Pokemon. En Pokemon Rojo y Azul el profesor Oak te dará a escoger entre tres Pokemon a tu inicial, siendo de los tipos Planta, Agua y Fuego, cada uno de estos tres tipos es fuerte contra uno y débil contra otro de la lista y yu rival escogerá el Pokemon que tenga ventaja de tipo contra el tuyo. En Pokemon Amarillo tu Pokemon inicial será Pikachu, de tipo eléctrico, el cual no podrás evolucionar, y tu rival obtendrá un Eevee, un Pokemon de tipo normal que puede evolucionar a tres formas de los tipos fuego, agua y eléctrico al usar la piedra del mismo tipo. La forma que adopte el Eevee del rival se verá condicionada por los resultados de tus combates contra él. También aparecerán Jessie y James, los miembros del Team Rocket que en la serie animada tienen el papel de antagonistas recurentes y en el juego combatirán contigo cada vez que te enfrentes al Team Rocket.
Este juego tiene textos en castellano.
Este juego en su edición de Pokemon Amarillo ha sido probado usando el núcleo Gambatte de Retroarch y funciona perfectamente.