Lloyd vuelve a la ciudad estado de Crossbell tras haber estado tres años fuera para ingresar al cuerpo de policía como detective, siguiendo los pasos de su hermano mayor Guy, quien fue asesinado en acto de servicio. Lloyd será asignado a una nueva división, la sección de apoyo especial, creada y comandada por Sergei con el objetivo de que el cuerpo de policía obtenga algo de la popularidad del gremio de bracers haciendo tareas parecidas y, en última instancia, evitar el control y la presión de los altos mandos para combatir la corrupción en Crossbell.
Los otros miembros de la sección de apoyo especial son Elie, experta en política y economía quien entró al cuerpo mediante un examen escrito y otro de puntería, ambos con puntuaciones perfectas, y que busca algo de experiencia real; Tio, una muchacha de tan solo 14 años, experta en tecnología transferida desde la fundación Epstein y con unos sentidos inhumanamente agudos, y Randy, quien es transferido desde la guardia de Crossbell al haber tenido un problema en su anterior puesto de trabajo.
La sección de apoyo especial se acabará topando con los entramados de Revache, la mafia que controla el bajo mundo de Crossbell y que tiene en el bolsillo a numerosos miembros del gobierno, lo que le permite actuar con impunidad. Revache se está preparando para defender su territorio de Heiyue, una mafia procedente del país vecino de Calvard que ha llegado a Crossbell reclamando su trozo del pastel.
Este juego tiene lugar enteramente en la ciudad Estado de Crossbell, eje del comercio del continente, y el territorio bajo su dominio, que incluye dos aldeas. Crossbell está situada entre dos grandes potencias, el imperio de Erebonia y la república de Calvard, y los miembros del gobierno de la ciudad estado se dividen entre en los que apoyan a una o otra potencia, lo que hace que éstas ejerzan un gran poder sobre Crossbell. La instauración de Crossbell como estado autónomo ocurrió hace 70 años como parte de un acuerdo de Calvard, quien entonces poseía el territorio, y Erebonia.
A Crossbell llegan Estelle y Joshua siguiendo la pista de cierta niña que fue a la ciudad para enfrentarse a su trágico pasado y descubrir toda la verdad. Entre esta niña y Estelle y Joshua hay una serie de barreras que impiden que Estelle pueda alcanzarla y darle un verdadero final feliz, pero será la intervención de Lloyd la que marcará la diferencia.
Los personajes que irás encontrado por Crossbell con los que podrás hablar irán cambiando sus diálogos a medida que avance la trama principal, pudiendo conocer sus pequeñas historias, como viene siendo habitual en la saga Trails. Esto hace que el juego tenga una cantidad absurda de líneas de diálogo que hace que sea más difícil de traducir. Este juego en particular y su secuela han tardado más de diez años en recibir una traducción oficial al inglés aun siendo una parte importante de la historia entrelazada que se va contando en los distintos arcos argumentales de la saga Trails.
En este RPG por turnos las batallas tienen lugar en un tablero donde los personajes se colocan cada uno en una casilla. Cuando ataques a un enemigo con un personaje, este se moverá hasta él hasta tenerlo al alcance de su arma. Cada personaje puede moverse un número máximo de casillas por turno, así que si el personaje no puede acercarse lo suficiente al enemigo, solo se moverá hacia él lo máximo posible. También tienes el comando de mover para posicionar al personaje donde quieras dentro de su rango de movimiento.
Causando y recibiendo daño tus personajes ganarán CP que podrás usar para realizar técnicas. Al tener al menos 100 CP tu personaje podrá usar una técnica definitiva gastando todos sus CP. Si tiene el máximo de 200 la técnica será más potente. Estas técnicas podrás usarlas en cualquier momento mientras tengas los suficientes CP, adelantando el turno de tu personaje. Los personajes también irán aprendiendo técnicas combinadas, donde participarán dos personajes que gastarán 100 CP cada uno para realizarlas.
Los personajes podrán usar artes gastando EP, que se restaurará al descansar. Las artes tardan unos cuantos turnos en poder ejecutarse desde que das la orden, pero pueden lanzarse a cualquier punto del campo de batalla y se pueden usar para explotar debilidades elementales, además de que las artes que puede usar cada personaje viene determinadas por los cuarzos equipados en su orbment de batalla mientras que las técnicas son propias de cada personaje, permitiendo mayor personalización. Cada cuarzo otorgará puntos de ciertos elementos al tenerlo equipado y cada arte requerirá los suficientes puntos de uno o varios elementos. Puedes ver los puntos necesarios en el diario. Los huecos para cuarzo se dividen en líneas y solo cuenta las combinaciones de puntos de elementos de cada línea por separado, aunque ciertos personajes solo tendrán una línea, haciendo que todos sus puntos elementales estén juntos. Al principio solo tendrás hueco para un cuarzo y tendrás que gastar el sepith que sueltan los enemigos al derrotarlos para desbloquear más huecos. Luego podrás mejorar los huecos para poder equiparte con cuarzos más potentes. Tanto desbloquear como mejorar huecos del orbment de un personaje aumenta sus EP máximos. Los cuarzos no solo permitirán a tus personajes usar artes, sino que les proporcionarán ciertos efectos, como mejoras de estadísticas o que sus ataques generen estados alterados.
El orden y la frecuencia de los turnos vienen determinados por la estadística de velocidad. Determinados turnos contarán con una bonificación, como curación o ataque crítico, por lo que es vital utilizar las artes y las técnicas definitivas para hacer que esas bonificaciones las obtengan tus personajes en lugar de el enemigo. Si un ataque falla, el objetivo del ataque contraatacará si su atacante está en el rango de su arma.
Los enemigos aparecen fuera de las batallas y es al entrar en contacto con ellos que pasarás a luchar contra ellos. Si te acercas a un enemigo con ventaja tus personajes tendrán turnos extras al principio de la batalla pero, si son los enemigos quien se acercan por tu espalda será ellos los que tengan un turno extra. Puedes golpear a los enemigos fuera del combate para que dejen de moverse y, si lo haces por la espalda, los aturdirás. Cuando entras en combate contra enemigos aturdidos no solo tus personajes tendrán un turno extra al principio, sino que tendrán un bonus de crítico. La mayoría de las veces uno de tus personajes tendrá, en lugar de un bonus de crítico, uno de ataque en grupo. Este bonus permite realizar un ataque que afecta a los enemigos de un área grande alrededor del objetivo y causa un gran daño, lo que permite acabar rápido con un grupo de enemigos sin gastar recursos.
Este juego dispone de textos en inglés y voces en japonés.
