Tu personaje es un niño que vive en el bosque Kokiri, gobernado por el gran árbol Deku. Un día, el gran árbol Deku te convoca y manda a la hada Navi a que te acompañe. Ganondolf, un hombre que viene del desierto y rey del pueblo gerudo, le ha insertado un parásito. Logras matar al parásito, pero el árbol Deku muere igualmente. Antes de morir, el árbol Deku te da la piedra espiritual que guardaba, tras la que iba Ganondolf, y te pide que vayas al castillo de Hyrule a ver a la princesa Zelda.
Cuando te encuentras con la princesa Zelda, que tiene la edad de tu personaje, ésta afirma haberte visto en un sueño profético y te manda a buscar las otras dos piedras espirituales, custodiadas por el pueblo goron y el zora, respectivamente. Son necesarias las tres piedras espirituales y la ocarina del tiempo, el tesoro de la familia real de Hyrule, para abrir en el templo del tiempo la puerta al reino sagrado, donde está guardada la trifuerza, un tesoro otorgado por las tres diosas creadoras de Hyrule y que tiene el poder de conceder cualquier deseo, por lo que Ganondolf va tras ella. Cuando consigues abrir la puerta al reino sagrado, te despiertas siete años después con un cuerpo de adulto. Raoru, el sabio que estaba en el reino sagrado, te ha hecho dormir durante siete años para que tuvieras un cuerpo adulto para poder enfrentarte mejor a Ganondolf. Ahora te pide que reúnas al resto de sabios y sabias que están en distintos puntos del reino de Hyrule.
Al saltar la saga The Legend of Zelda al 3D se añadió la mecánica de fijar la cámara en un objetivo pulsando un botón. Esta mecánica sería usada en innumerables juegos posteriormente. Tienes un botón cuya acción depende del contexto, pudiendo ver en la interfaz escrita la acción que hará el botón en el momento de pulsarlo. Tienes un botón para usar la espada que tengas equipada, tres para asignarles el uso de los distintos objetos que vayas consiguiendo y uno para protegerte con el escudo equipado. Si usas el escudo sin fijar un objetivo, tu personaje se agachará y no podrás moverte mientras se protege con el escudo. Si lo usas mientras tienes un objetivo fijado podrás moverte mientras tu personaje tiene enfocado el escudo hacia el personaje fijado. Al tener a un enemigo fijado podrás esquivar hacia la derecha, hacia la izquierda o hacia atrás de un salto si te mueves en esas direcciones y pulsas el botón contextual. Si tienes la espada desenfundada y pulsas el botón contextual mientras no te mueves o te mueves hacia delante, tu personaje realizará un ataque en salto, que causa el doble de daño, pero le deja vulnerable. Y si usas la espada mientras te mueves hacia delante, tu personaje ejecutará una estocada.
Al usar armas a distancia la vista cambiará a primera persona y apuntarás con el joystic, no pudiendo moverte mientras apuntas. Si tienes a un objetivo fijado al usar un arma a distancia, tu personaje disparará directamente hacia el objetivo, sin tener que apuntar.
Al correr hacia el borde de una plataforma, tu personaje saltará automáticamente hacia delante. Si corres hacia una pared que no sea demasiado alta, tu personaje escalará la pared.
Solo podrás comprar pociones curativas si antes tienes una botella vacía. Solo hay cuatro en todo el juego y la primera la conseguirás durante el transcurso de la historia. Puedes guardar en ellas ciertos objetos, algunos necesarios para avanzar en el juego, y, si cuando te encuentres con un hada, la metes en una botella, el hada te curará toda la salud automáticamente cuando mueras.
Al usar la ocarina, cinco botones de tu mando estarán asignados a cinco notas del instrumento. Irás aprendiendo distintas canciones para tocar en tu ocarina, cada una de ellas teniendo un efecto diferente. Cada canción se compone de seis notas, de una combinación de seis botones. Cuando uses la ocarina en ciertos lugares donde se requiera tocar una canción en concreto para avanzar, aparecerá un pentagrama donde se irán mostrando los botones que pulses en las posiciones que les correspondan a las notas que tienen asignadas.
A lo largo del juego tendrás que completar mazmorras. En éstas deberás encontrar un objeto que deberás usar para acceder a ciertas partes de la mazmorra a las que antes no podías y acabar enfrentándote a un jefe en el final de la mazmorra. En cada mazmorra puedes encontrar un mapa de ésta y una brújula, que te mostrará tu posición y los cofres en el mapa. A partir de la cuarta mazmorra habrá puertas cerradas y deberás encontrar llaves para abrirlas. La sala del jefe final solo podrás abrirla cuando encuentres la llave del jefe. Al vencer al jefe de la mazmorra obtendrás un contenedor de corazón, que aumentará tu salud máxima. También puedes encontrar por el mundo fragmentos de contenedor de corazón, que te darán un contenedor de corazón al reunir cuatro.
Yoshiaki Koizumi Yoshiki Haruhana Satoru Takizawa Jin Ikeda Satomi Maekawa
La versión original de este juego para Nintendo 64 se publicó con textos en inglés.
Este juego ha sido probado en Retroarch usando el núcleo ParaLLEI N64 y solo ha habido un pequeño fallo de emulación que hacía que en cierta zona de la subida a la montaña de la muerte el suelo se volviera invisible, pero no es un fallo que impida el avance hacia la montaña de la muerte.