Metroid: Zero Mission vuelve a contar la historia del primer Metroid, donde Samus se enfrenta a Mother Brain y destruye a los metroids, pero el juego ha sido creada prácticamente desde cero, con nuevo diseños de niveles, las batallas contra Kraid y Ridley rediseñadas y con un esquema de control más parecido a Metroid Fusion. Tendrás que ir explorando el mapa no lineal para ir consiguiendo mejoras que te permitan abrir caminos. En este juego hay estatuas que no solo restableceran tu salud y munición, sino que te marcarán en el mapa el siguiente punto al que tienes que ir, de forma similar a Metroid Fusion, pero los niveles están diseñados de una forma más parecida a Super Metroid. El objetivo de este juego sigue siendo encontrar y derrotar a Kraid y Ridley para abrir la zona donde está Mother Brain para luego derrotarla, como en el Metroid original.
Samus puede disparar hacia delante, hacia arriba, mientras se agacha, hacia abajo mientras esté en el aire y en diagonal. Puedes disparar misiles cuando obtengas la primera mejora de misiles, pero tienen munición limitada, aumentando su capacidad máxima según vayas consiguiendo más mejoras de misiles. Además podrás conseguir mejoras de supermisiles, que son más poderosos y que también podrás ir aumentando su capacidad de munición según vayas encontrando más mejoras de supermisiles. Samus podrá convertirse en esfera en cuanto consigas esa mejora y en esa forma podrá colocar bombas en cuanto hayas conseguido esa otra mejora. Samus también podrá agarrarse a los salientes, pero, la contrario que en Metroid Fusion, necesitarás conseguir antes una mejora para hacerlo.
Donde el juego original terminaría, con la derrota de Mother Brain y el escape de Samus del planeta, Metroid: Zero Mission continúa. Mientras Samus escapaba, la banda de piratas espaciales derriban su nave y Samus pierde su armadura. Indefensa, con solo una pistola aturdidora, Samus deberá infiltrarse en la nave nodriza pirata para recuperar su armadura y poder salir del planeta. En esta sección deberás evitar que te vean y, si te ven, debes huir y buscar un lugar donde esconderte. Hay puertas que se cerrarán si te detectan y tu pistola aturdidora tarda unos instantes en cargarse y su efecto de aturdimiento solo dura unos pocos segundos.
Este juego dispone de textos en castellano.
Este juego ha sido probado usando el núcleo mGBA de Retroarch y corre perfectamente.
Participación de autoras
En la composición de la banda sonora participa Minako Hamano.