Samus ha viajado al planeta natal de los metroids con el objetivo de exterminarlos y pronto descubrirá que la forma de los metroid que vió en el anterior juego no es más que un estado de larva. Samus deberá recorrer las cavernas del planeta en busca de metroids en un diseño de niveles laberíntico. Deberás acabar con un número determinado de metroids para hacer que el ácido que te impide el paso a la siguiente zona desaparezca, aunque el juego no te dirá que camino se ha abierto y no hay un mapa que te indique los caminos por donde aún no has ido. Te irás encontrando con metroid en distintas etapa de desarrollo, siendo cada una más fuerte que la anterior, y te acabarás enfrentando a su reina.
Samus empieza su misión con 30 misiles y su forma de esfera. Ahora no solo puedes disparar hacia delante o hacia arriba, sino que también puedes disparar hacia abajo si estás en el aire y agacharte para disparar a los enemigos bajos. Al darle hacia abajo primero te agacharás y es al darle una segunda vez cuando adoptarás la forma de esfera. Para avanzar por ciertos sitios deberás encontrar mejoras para tu armadura. Una de las primeras mejoras que encontrarás es la que te permite escalar paredes y techos en tu forma de esfera. También hay repartidas por el mapa mejoras de salud y de cantidad máxima de misiles, además de estaciones de recarga que recuperarán toda tu salud siempre que las visites y otras que lo harán con tu reserva de misiles. En este juego se implementa el guardado de la partida, pudiendo guardar la partida en los puntos de guardado repartidos por el mundo. Cuando mueras continuarás en el último punto de guardado.
Los sprites son más grandes y detallados que en el juego anterior, aún si la pantalla de la Game Boy era en blanco y negro y tenía una menor resolución, aunque esto hace que tu personaje y los enemigos ocupen más espacio en la pantalla. Esto supone un problema al combatir con los metroids, ya que no te podrás alejar demasiado de ellos para luchar a distancia y tus disparos no les afectarán si no aparecen en pantalla. A esto se suma que los metroids solo pueden ser dañados por misiles, que se te pueden agotar y solo cierto tipo de enemigos sueltan misiles al morir, por lo que es probable que, en al menos una ocasión, tengas que volver atrás para encontrar una fuente de misiles, por lo que es aconsejable tener localizadas las estaciones de recarga de misiles para reabastecerte por completo, lo que se hace algo complicado al no tener el juego un mapa.
Este juego cuanta con textos en inglés.
Este juego ha sido probado en el núcleo Sameboy de Retroarch y corre perfectamente.
