Mientras la cigüeña estaba en camino de entregar a los bebés Mario y Luigi, la bruja Kamek, al servicio de un jovencito Bowser, la ataca y secuestra a Luigi, pero Mario cae y es encontrado por un grupo de Yoshis, unos dinosaurios amistosos. Estos Yoshis se encargarán de cuidar y proteger al bebé Mario miestras tratan de viajar hasta la guarida de Bowser y rescatar a Luigi.

Controlarás en cada nivel a uno de los Yoshi, el cual cargará en su espalda al bebé Mario. Cada vez que Yoshi reciba un golpe, Mario saldrá volando envuelto en una burbuja y deberás recuperarlo antes de que una cuenta atrás llegue a cero o se llevarán a Mario y perderás una vida. Esta cuenta atrás empezará en 10 y, cuando su valor sea menor a ese, volverá gradualmente a 10 mientras tengas a bebé Mario. Puedes aumentar esta cuenta atrás hasta un máximo de 30 consiguiendo estrellas repartidas por los niveles y pasando por el punto de control.

Yoshi podrá extender su lengua a media distancia hacia el frente o hacia arriba para engullir enemigos. Estos enemigos podrá escupirlos para usarlos como proyectiles o tragarlos convertirlos en huevos, que también podrá usar como proyectiles. Podrás llevar hasta seis huevos y, a la hora de dispararlos, la mirilla irá moviéndose hacia arriba y hacia abajo y tendrás que lanzar el huevo cuando ésta apunte hacia tu objetivo. Lanzar huevos no solo sirve para derrotar enemigos, sino que también podrás usarlos para recolectar objetos que estén fuera de tu alcance. En los niveles encontrarás unas nubes con un signo de interrogación que, al golpearlas con un huevo, soltarán objetos o harán aparecer plataformas. Mientras Yoshi esté en el aire, al pulsar el botón de salto, moverá los pies con tal de mantenerse en el aire, lo que se puede usar para realizar saltos largos y, al pulsar abajo en el aire, Yoshi se lanzará contra el suelo para golpearlo.

En algunas secciones de ciertos niveles Yoshi podrá convertirse en diversos vehículos. Mientras Yoshi esté transformado no tendrá que preocuparse por bebé Mario, pero la transformación es temporal y volverá al punto en el que se transformó a no ser que toque el bloque que lo convierte otra vez en Yoshi.

Este juego ha sido probado usando el núcleo Snes9x de Retroarch y funciona perfectamente.