Esta historia transcurrió hace mucho tiempo, cuando la tierra de Ys estaba infectada de demonios y las diosas Reah y Feena recién habían elevado el templo de Solomon en el cielo para que la gente de Ys estuviera a salvo de los gases nocivos que los demonios producían. Las diosas fueron a la superficie sin contárselo a nadie y, a raíz de su desaparición, un equipo de búsqueda desciende a la superficie en su busca y descubren que han ido a la torre que los demonios construyeron para alcanzar el templo de Solomon. El equipo de búsqueda tendrá que explorar la torre que no solo estará repleta de demonios, sino que unos seres humanos de fuera de Ys se han aliado con ellos, estando al mando un poderoso hechicero que quiere capturar a las diosas como parte de su plan maléfico.
Podremos elegir jugar con dos personajes distintos, Yunica y Hugo, teniendo cada uno su forma de juego y su historia propias, habiendo un tercer personaje jugable que se desbloqueará al terminar el juego. Yunica es la nieta de uno de los sumos sacerdotes de Ys y la hija del comandante la guardia de las diosas, pero es incapaz de utilizar la magia, así que lo tiene que compensar con sus habilidades de combate con hacha. Yunica tiene un vínculo cercano con las diosas, lo que hace que en esta situación se comporte de forma impulsiva y se adentre en la torre sola a pesar de que es solo una aprendiz de caballero, pero acabará demostrando su valía al enfrentarse a los demonios de la torre. Hugo proviene de una familia de magos prestigiosa y se comporta de una manera fría, actitud que se ha incrementado al empezar a explorar la torre. Hugo tiene sus propios intereses para explorar la torre que no le cuenta a nadie y, entre los humanos aliados con los demonios, hay alguien al que conoce muy bien.
Imágenes tomadas de la versión de PC del juego
Yunica utilizará su hacha como arma principal, teniendo un combo de varios golpes en el suelo, un golpe ascendente cuando pulsas el botón de ataque mientras asciendes de un salto sin moverte hacia delante, un combo aéreo si atacas en el aire mientras saltas hacia delante y un ataque descendente si atacas mientras tu personaje desciende, teniendo este último ataque una posibilidad de aturdir al enemigo durante unos cuantos segundos. Hugo lanzará proyectiles mágicos a distancia, lo que alienta a combatir a los enemigos desde lejos.
Durante la aventura tu personaje irá consiguiendo unas tres reliquias que le permitirán utilizar habilidades que serán útiles tanto en combate como para llegar a ciertas zonas. Estas habilidades consumirán tu barra de PM, que se irá recargando gradualmente con el tiempo, y cada habilidad tendrá alineación elemental, siendo algunos enemigos especialmente fuertes o débiles frente a un elemento, habiendo casos de enemigos que también serán resistentes a tus ataques normales y la única forma de hacerles daño es usar una de tus habilidades. La barra del modo de potenciación se irá llenando mientras luchas y empezará por hacerlo gradualmente con el tiempo cuando tu salud baje. Una vez esta barra esté llena podrás activar el modo de potenciación que, durante un tiempo, disminuirá a la mitad el daño recibido y aumentará el poder de ataque y la velocidad a la que se restaura la barra de PM.
Habrán otros artefactos que le otorgarán nuevas habilidades a tu personaje que le permitirán llegar a nuevos lugares, habilidades como correr o realizar un doble salto. También te encontrarás metidos dentro de cofres con armaduras y zapatos que te otorgarán una mejor defensa, con gemas que mejorarán tus habilidades y con mena de cleria, material necesario para mejorar tu arma, arma que llevarás durante todo el juego.
Las estatuas de las diosas estarán esparcidas por toda la torre y cumplen con la función de punto de guardado, lugar de curación y punto de teletransporte. Además podrás canjear los PE que has ido recogiendo de los enemigos caídos por ciertas mejoras. Podrás mejorar tu armadura y calzado equipados una sola vez por pieza y obtener otras ventajas como resistencia a los efectos de estado y que estos se acaben antes o que las habilidades consuman menos PM y que éstos se recuperen más rápido.
Dentro de la estructura de los niveles es común encontrarse con bifurcaciones. Al final de uno de los caminos de la bifurcación habrá una puerta cerrada con llave o una parte que no podrás atravesar sin conseguir un artefacto o habilidad y, al final del otro, lo que necesites para avanzar por el primer camino. Las batallas con jefes serán habituales y durante ellas no podrás abrir el menú de pausa. Estas batallas son bastantes retadoras y no podrás curarte durante ellas, ya que en este juego no podrás llevar objetos de curación encima. Muchas batallas suelen consistir en golpear al jefe en un punto para conseguir que exponga su punto débil y, al golpear éste, sea cuando baje su barra de vida.
