Mientras Mario, Luigi y la princesa Peach estaban de vacaciones en Dinasour Land, Bowser secuestra a la princesa por cuarta vez y también ha encerrado en huevos al dinosaurio Yoshi y a sus amigos. Mario podrá encontrar a Yoshi encerrado en un bloque como si fuera un power-up y subirse encima. Cuando Mario monte a Yoshi podrá mandarle a que despliegue su lengua para devorar a sus enemigos. Cuando Mario recibe un golpe caerá de Yoshi y éste saldrá corriendo, pero podrás volver a subirte si lo alcanzas, no recibiendo Mario daño cuando esté montado encima de Yoshi.
Ahora Mario podrá lanzar hacia arriba los objetos que agarra y tiene un nuevo salto giratorio además de su salto normal que sirve para romper bloques desde arriba al aterrizar en ellos. Se añade en este juego el power-up de la pluma, que le otorga a Mario una capa con la que puede caer más despacio al mantener pulsado el botón de salto, atacar a sus enemigos cuerpo a cuerpo y volar al correr cierta distancia para ganar velocidad y después saltar, teniendo que usar los botones de dirección para mantener la altura y evitar que Mario vaya descendiendo. Cuando tengas un power-up y consigas otro, el que tenías antes se guarda en una caja en la interfaz situada en la parte superior central de la pantalla. Cuando pulses el botón correspondiente o Mario sufra daño, este power-up en reserva descenderá desde la parte superior de la pantalla para que puedas conseguirlo, pero deberás tener cuidado de que no se caiga al vacío o a una zona inaccesible como un muro.
Al principio el mapa del mundo donde se seleccionan los niveles puede parecer lineal, ganando acceso a un nivel después de haber superado el anterior con solo un pequeño desvío al principio del camino principal que lleva al nivel donde activar el interruptor amarillo, pero ciertos niveles ocultan salidas ocultas que desbloquean niveles secretos o atajos en el mapa del mundo, incluso teniendo que encontrar salidas ocultas en un par de niveles para poder desbloquear el siguiente. La mayoría de estas salidas tienen forma de cerradura y deberás encontrar la llave y llevarla hasta ella para salir del nivel por allí. Los niveles de interruptores a excepción del nivel del interruptor amarillo son secretos. Estos interruptores hacen aparecer en los niveles bloques que pueden servir de plataforma o encerrar a enemigos para que no sean una amenaza. Algunos niveles son fortalezas de los secuaces de Bowser, donde no podrás entrar montado en Yoshi y donde al final te espera una batalla de jefe. También hay mansiones encantadas llenas de fantasmas donde tampoco podrá entrar Yoshi y donde encontrar la salida del nivel sule ser más complicado, incluso apareciendo puertas secretas cuando pulsas el botón que convierte los bloques en monedas y viceversa.
Este juego dispone de textos en inglés.
Este juego ha sido probado usando el núcleo Snes9X de Retroarch y funciona perfectamente.
