Elfir se ha inscrito en la academia de alquimia de Salburg inspirada por Marlone, que, mientras ejercía como una alquimista ambulante, le curó cuando estaba enferma. Su profesora Ingrid le encargará la gestión del taller que anteriormente usaba Marlone y en la academia conocerá a Nordis, el mejor estudiante de la academia, y Eisel, una joven venida de una familia rica que entablará una relación de rivalidad con Elfir que acabará convirtiéndose en amistad. Este juego tiene la base jugable de su predecesor, pero se han ido añadiendo nuevas mecánicas a la vez que se ha ampliado la lista de recetas disponibles.
Podrás modificar las cantidades de cada ingrediente cuando sintetices un objeto para alterar sus características y también mezclar ingredientes sin tener que utilizar una receta, pero habrá que tener en cuenta la compatibilidad de dichos ingredientes. Ahora Elfir tendrá dos tipos de niveles, el de combate y el de alquimia, por lo que solo se podrá aumentar las habilidades de alquimia practicándola. En el sistema de combate se ha añadido la posibilidad de que uno de los aventureros proteja a Elfir cuando ésta sea blanco de un ataque. Las hadas a las que contratas pueden subir de rango adquiriendo experiencia mientras trabajan pero sin que suba su sueldo, lo que añade la posibilidad de contratar hadas de rango bajo al principio para ahorrar dinero en el largo plazo. En la taberna se han añadido además de los encargos normales unos que requieren un objeto de cierta categoría y que permitirán que entregues dentro de esa categoría objetos de distinta calidad.
Imágenes tomadas de la versión de PS2 de Atelier Marie & Elie: The Alchemist of Salburg usando el emulador PCSX2
Se ha añadido un examen anual que consiste en tres pruebas. En la primera hay que sintetizar el objeto indicado y, si no conoces la receta, fallarás la prueba automáticamente. La segunda consiste en un examen tipo test sobre alquimia. Y la tercera consiste en usar objetos explosivos para destruir un barril evitando dañar lo que haya dentro. Para ello habrá que elegir los tipos de objetos explosivos que se usarán y habrá un límite de turnos que se reducirá por cada tipo de objeto que selecciones. Cada tipo de objeto hará una cierta cantidad de daño y el daño total deberá estar entre la cantidad que requiere romper el barril y la cantidad que dañaría el interior. Una buena calificación en los exámenes hará que Elfir, tras estudiar por cuatro años en la academia, sea promocionada al rango de Meister, lo que ampliará el tiempo de juego a unos dos años más.
Este juego dispone de textos y voces, pero hay disponible una traducción al español realizada por fans de la versión de PlayStation 2 que también incluye su precuela, Atelier Marie.
