Tu personaje ha sido llevado a la provincia de Morrowind para para ser liberado de su encarcelamiento por orden del emperador de Cyroril. Durante el proceso de desembarco, podrás crear a tu personaje. Cuando han acabado los procedimientos te sueltan en Morrowind con la única instrucción de llevarle un paquete a un tal Cassius en la ciudad de Balmora, pero puedes ir desde el principio hacia donde quieras en el mundo abierto que supone la provincia de Morrowind. Cuando encuentres a Cassius él revelará que es el maestro espía del imperio y te manda a investigar a dos cultos.
Al crear a tu personaje podrás elegir su raza. Cada raza ortorgará unas bonificaciones distintas. Puedes elegir una clase para tu personaje o crear una personalizada. Cada clase tiene dos estadísticas destacadas y un número de habilidades primarias y secundarias. Empezarás con un nivel más alto en las habilidades de tu clase. El nivel de una habilidad irá subiendo si la usas el suficiente número de veces. Cada habilidad tiene una estadística que la domina y, cuando hayas subido de nivel habilidades el número suficiente de veces, tu personaje subirá de nivel. Cuando tu personaje suba de nivel podrás elegir tres estadísticas para mejorarlas. Según las habilidades que hayas mejorado y las estadísticas que las gobiernan, en algunas estadísticas tendrás la bonificación de aumentarlas en dos o tres puntos si las eliges.
Puedes equiparte con un arma y con un hechizo. Para sacar el arma deberás darle a la tecla correspondiente y para poder lanzar el hechizo equipado deberás darle primero a otra tecla para ponerte en posición de lanzar hechizos. Usar tu arma gastará tu barra de fatiga, así como correr o saltar, y lanzar hechizos agotará tu barra de magia. Puedes cambiar la vista de primera a tercera persona y la vista en primera persona tiene una mirilla en el centro de la pantalla que te ayudará a apuntar al lanzar proyectiles, ya sean flechas o hechizos.
Las armas se clasifican en contundentes, hachas, hojas largas, hojas cortas, lanzas, mano a mano y a distancia, cada una con una habilidad correspondiente que determina la destreza al usar cada tipo de arma. Según el nivel de la habilidad en el arma que uses, hay cierta probabilidad de que tu ataque falle y no le dé al enemigo. También el porcentaje de fallo está determinado por la cantidad de barra de fatiga restante de tu personaje. Tienes además la habilidad de bloqueo con el escudo.
Las armaduras se dividen en armadura ligera, media, pesada y sin armadura. Cada una tiene una habilidad correspondiente que irá aumentando según recibas daño con ese tipo de armadura equipada. Las armas y armaduras se dañarán al usarlas pero puedes repararlas usando tu habilidad de armero y herramientas como martillos de armero.
Los hechizos están clasificados en varias escuelas de magia con sus habilidades correspondientes que, junto a lo poderoso que sea un hechizo, determinarán la probabilidad de ejecutar con éxito dicho hechizo. Puedes comprar hechizos en los gremios de magos situados en ciertas ciudades para añadirlos a tu arsenal. También puedes solicitar el servicio de crear un hechizo personalizado, aumentando el precio, cantidad de magia que consume y dificultad de ejecutarlo según el hechizo creado sea más poderoso. Un hechizo puede tener efecto en tu personaje, en quien toques al realizarlo o el hechizo puede lanzar un proyectil.
La habilidad de alquimia te permite usar ingredientres que podrás encontrar en las plantas y hongos por el mundo o en las criaturas que mates para crear pociones y venenos. Cada ingrediente suele tener cuatros efectos, pero será tu habilidad con la alquimia la que te permitirá usar de uno a cuatro de esos efectos. Usando equipo de alquimia podrás mezclar hasta cuatro ingredientes. Para obtener una poción al menos dos de esos ingredientes deberán de tener el mismo efecto, que será el efecto de la poción. La creación de la poción tiene posibilidades de fallar según el nivel de tu habilidad de alquimia.
Tu habilidad de atletismo te permitirá correr y nadar más rápido consumiendo menos la barra de fatiga y tu habilidad de acrobacia te hará saltar más y reducirá el daño de caida. Tu habilidad de sigilo te permitirá moverte sin que te vean cuando te muevas en modo sigilo y poder robar a personajes sin que lo noten. Tu habilidad de seguridad te servirá para forzar cerraduras usando una ganzúa y desactivar trampas usando una sonda, determinando tu nivel de habilidad la probabilidad de éxito.
Los personajes con los que hables tendrán un medidor del 0 al 100 que indicará la disposición que tienen para contarte según que información. Puedes persuadirlos para aumentar ese medidor. Tienes la opción de alabar, intimidar, provocar y sobornar con distintas cantidades de dinero. Tienes una probabilidad de éxito según tu habilidad de elocuencia, aumentando el medidor si tienes éxito y reduciéndolo si fracasas. En las tiendas puedes regatear para comprar más barato y vender más caro, determinando tu habilidad mercantil si tu oferta es rechazada o aceptada.
Durante tus aventuras encontrarás a personajes que te darán misiones y podrás unirte a facciones como los gremios, para los que tendras que realizar misiones para ascender en su jerarquía. Cuando te den una misión no te marcarán en el mapa dónde ir, salvo contadas excepciones, sino que te darán una serie de indicaciones de cómo llegar desde donde está el personaje que te da la misión usando puntos de referencia. Podrás leer estas indicaciones siempre que quieras en tu diario. Para viajar de forma rápida solo tienes disponibles una serie de trasporte en las ciudades (por barco, a lomos de una enorme criatura y teletrasporte desde el gremio de magos) que te costará dinero usar. Solo podrás usar el teletrasporte para ir de una ciudad con gremio de magos a otra y los otros medios de trasporte solo te llevarán a ciudades cercanas, teniendo que realizar varios viajes para llegar a ciudades que estén más lejos.
Este juego dispone de textos y voces en inglés. Puedes descargar una traducción hecha por fans en este enlace.