Tu personaje está en libertad condicional porque, mientras salías en defensa de una mujer que estaba siendo acosada por un hombre, éste se cae al estar borracho y te acusa de agresión, haciendo que te condenen usando su influencia, ya que, al parecer, es una persona muy poderosa. Te acoge Sojiro Sakura, el dueño de una cafetería en Tokio, y te hace vivir en el ático de la cafetería durante el año que dure tu libertad condicional.
De camino al instituto en tu primer día una extraña aplicación de navegación aparece en tu teléfono y te encuentras con Ryuji, un alumno problemático de tu mismo instituto. La extraña aplicación reacciona cuando Ryuji habla mal de Kamoshida, el entrenador del equipo de voleibol del instituto, y os encontráis con el instituto convertido en un castillo y con una extraña versión de Kamoshida como su rey.
Cuando tú y Ryuji sois apresados por la guardia del castillo, despiertas un poder llamado persona que adopta la forma de Arsène Lupin, el protagonista de la serie de novelas de Maurice Leblanc. Mientras escapáis de las mazmorras os encontráis con Morgana, un gato antropomórfico que parece saber cómo funciona ese mundo en el que os habéis metido y con su ayuda escapáis del castillo.
Kamoshida ha estado abusando de su posición como entrenador, ya que al ser un medallista olímpico le da prestigio al instituto y eso hace que la gente mire para otro lado respecto a sus abusos. Agrede físicamente a los miembros del equipo masculino de voleibol y acosa sexualmente a las integrantes del equipo femenino. Persigue a Ann, una compañera de tu clase medio japonesa medio finlandesa, para acostarse con ella. Corre el rumor entre el alumnado de que Ann y Kamoshida están saliendo, pero Ann solo está dándole excusas para no quedar con él, temiendo que si lo rechaza directamente quitaría a su mejor amiga Shiho de su puesto de titular en el equipo. Ann llegará a confesarte que está muy asustada con las presiones de Kamoshida y es tu apoyo lo que hace que rechace directamente a su acosador, lo que causa que Kamoshida tome represalias contra Siho, haciendo que se intente suicidar lanzándose desde la azotea del instituto.
Según Morgana, el otro mundo donde el instituto es el castillo de Kamoshida es la materialización de la cognición de la gente y recibe el nombre de Metaverso. Quienes tienen deseos distorsionados hacen que se manifiesten palacios, como el castillo de Kamoshida, que representan cómo ven ese lugar. La versión de Kamoshida que aparece en su palacio en su sombra, que según la psicología de Carl Jung, es la parte de la mente alguien que se intenta ocultar y reprimir. La persona, en cambio, es la imagen que alguien proyecta al exterior. En lo más profundo del palacio hay un tesoro que representa el deseo distorsionado de a quien pertenece el palacio. Si se roba el tesoro hay una probabilidad de que Kamoshida confiese sus crímenes, pero también puede que se quede vegetal. Después del intento de suicidio de Siho, tú y Ryuji, quien había despertado su persona mientras investigabais el palacio, decidís hacerlo con la ayuda de Morgana, quien a cambio te pide que le ayudes a recobrar su memoria perdida. Ann os sigue mientras os infiltrabais en el palacio y despierta a su persona, lo que le permite enfrentarse a la sombra de Kamoshida y unirse al plan del robo del tesoro. Después de esta operación os dedicaréis a usar vuestros poderes para hacer confesar sus crímenes a otras personas que abusan de su posición de poder en pos de ejecutar una reforma social.
El sistema de combate de este RPG es por turnos. Cuando explores un palacio a las sombras, los enemigos que plagan el metaverso y que están basados en personajes de distintas mitologías alrededor del mundo, podrás emboscarlas si las atacas antes de que te vean, haciendo que tu grupo ataque primero. Si te golpean las sombras, serán ellas las que ataquen primero. Además, si te ven, el nivel de alerta del palacio aumentará. Si llega al cien por cien, os expulsarán a ti y a tu grupo del palacio. Puedes cubrirte tras ciertos objetos y esquinas para que no te vean, saltar de cobertura en cobertura y emboscar a las sombras desde ellas.
Cada personaje puede atacar a las sombras con su arma cuerpo a cuerpo, con su arma a distancia o invocar a su persona para usar una habilidad especial. Las armas a distancia tienen una munición limitada correspondiente a un cargador por personaje que se restaurará al acabar el combate. Puedes elegir si gastar toda la munición de un personaje en un turno o guardar algo para un turno posterior. Las habilidades de las personas consumen PE del personaje al usarlas, excepto las habilidades físicas, que consumen puntos de vida. Tanto las sombras como tus personajes tienen afinidades elementales. El ataque físico se divide en daño cuerpo a cuerpo y daño a distancia y los ataques mágicos tienen 8 elementos: fuego, hielo, viento, rayo, nuclear, psíquico, bendición y maldición. Si uno de tus personajes golpea a una sombra con un tipo de ataque al que sea débil, la derribará y tendrá un turno extra, pero eso no funcionará con sombras ya derribadas. Este turno lo podrá pasar a otro personaje, haciendo que aumente su daño y su poder de curación durante ese turno. Si sigues explotando debilidades elementales podrás ir pasando el turno a los personajes a los que aún no se lo hayas pasado en esa ronda, aumentando cada vez más su poder con cada paso del turno consecutivo. Si llegas a pasarle el turno a un cuarto personaje, este podrá usar una habilidad de su persona sin ningún coste. Las sombras también podrán explotar las debilidades elementales de tus personajes para atacar otra vez, así que deberás tener cuidado con eso. Si consigues derribar a todas las sombras podrás acorralarlas. En esta posición podrás ejecutar un ataque combinado que afecta a todas las sombras o negociar con ellas. Al negociar podrás pedirles que te den dinero, un objeto o que se unan a ti como la persona de tu personaje, siendo él el único que puede llevar más de una y es la persona la que determina la afinidad elemental. En la Sala Terciopelo podrás fusionar las personas para obtener otras más poderosas siempre que su nivel no sea mayor que el de tu personaje principal. Podrás acceder a la Sala Terciopelo desde la entrada del palacio o desde varios accesos situados en ciertos lugares de Tokio.
En el mundo real deberás manejar el tiempo para decidir qué hacer. Tienes disponible la tarde después del clase y las de cada día para aprovecharlas para participar en ciertas habilidades. El tiempo pasarás cada vez que realices una de estas actividades. Por las tardes podrás ir al Metaverso para infiltrarte en un palacio o ir a Mementos, la materialización en el Metaverso del inconsciente colectivo y palacio de todo el mundo, que toma la forma de un laberinto de túneles de metro que se formará de forma procedural y cuyas zonas se irán abriendo según completes palacios. Cada vez que tengas que infiltrarte en un palacio tendrás que completarlo dentro de un límite de tiempo en días, pasando el tiempo cuando te marchas del metaverso, lo que también recuperará por completo a tus personajes. Para completar un palacio primero deberás asegurar la ruta al tesoro. Una vez que llegues a donde está el tesoro deberás irte del Metaverso y enviar el aviso de robo en el mundo real a quien pertenezca el palacio una tarde para materializar el tesoro. Al día siguiente por la tarde tendrá lugar el robo, lo que desencadenará una batalla de jefe con la sombra que gobierna el palacio.
También puedes aprovechar el tiempo para entablar relaciones con tus confidentes. Al pasar tiempo con alguien podrás mejorar tu relación con esta persona, habiendo 10 rangos. Cada confidente tiene atribuido un arcano mayor del Tarot y podrás ganar una bonificación de experiencia al fusionar personas proporcional al rango de la relación y hacer que suba de nivel la persona fusionada y aprenda habilidades. Al alcanzar ciertos rangos con las relaciones con los otros personajes jugables estos aprenderán habilidades útiles en combate. Los personajes no jugables te darán, en cambio, otro tipo de ventajas, como poder comprar una mayor selección de objetos en su tienda, bonificaciones de experiencia, más tiempo libre o poder cambiar a tus personajes en medio de una batalla. Al subir de rango la relación se desarrollará una escena entre esa persona y tu personaje donde podrás saber más sobre esa persona. Tendrás varias opciones de diálogo y seleccionando unas en concreto obtendrás puntos de esa relación. Para poder avanzar al siguiente rango necesitarás suficientes de esos puntos. Si no tienes los suficientes puntos tendrás que pasar el rato con esa persona sin subir de rango para obtener más. Tienes la opción de llevarla a algún sitio de Tokio y, si le gusta, obtener más puntos. También puedes hacerle un regalo que sea de su agrado. Si llevas una persona que sea del mismo arcano que el de esa relación obtendrás puntos extras cuando pases tiempo con ella. Cada confidente estará disponible unos días concretos de la semana por la tarde o por la noche.
Para entablar ciertas relaciones o avanzar en ciertos rangos necesitarás tener el nivel en una de estas cinco estadísticas sociales: conocimiento, coraje, destreza, gentileza o encanto. Estas estadísticas se pueden mejorar usando tu tiempo en realizar ciertas habilidades, como leer libros o estudiar. Algunos días podrás encontrar un asiento libre en el metro de camino al instituto y leer un libro durante el trayecto, así que siempre ten a mano libros sin leer. Algunos días en el instituto te harán preguntas con respecto a la materia de la clase. Si aciertas tu conocimiento aumentará. Las preguntas luego entrarán para examen. Tu rendimiento en los exámenes depende de tu estadística de conocimiento y de las preguntas que aciertes durante los exámenes. Si sacas una gran nota tu encanto aumentará. También podrás aumentar tus puntos de salud haciendo ejercicio en casa. Si vas al gimnasio aumentarán tanto tus PS como tus PE, pero te costará 2000 yenes por sesión. Si tomas proteína antes de hacer ejercicio tendrás una pequeña bonificación en el aumento de tus estadísticas.
La versión original de Persona 5 cuenta textos en inglés y voces en inglés y japonés.
Este juego está dirigido por Katsura Hashino, la dirección de arte es obra de Masayoshi Suto, el diseño de personaje fue creado por Shigenori Soejima y la banda sonora está compuesta por Shoji Meguro. El diseño de las personas y sombras es de Kazuma Kaneko.
