Tu personaje tiene que quedarse durante un año en la casa de su tío Ryotaro Dojima, que vive en Inaba, un pueblo rural. Al poco de tu llegada a Inaba, el cadáver de Mayumi Yamano, una presentadora de televisión, es descubierto colgando de una antena de televisión una mañana llena de niebla y no se puede encontrar una causa de la muerte clara. Corre el rumor de que, en las noches lluviosas, en la televisión se sintonizará a medianoche un canal que te mostrará a tu alma gemela. Cuando tu personaje comprueba que el rumor es real, descubre que puede introducir su brazo dentro de la televisión. Al día siguiente, cuando acompaña a Yosuke y a Chie, quienes van a su misma clase, al centro comercial Junes, acaban cayendo dentro de un gran televisor de la sección de electrónica y aparecen en un extraño mundo lleno de niebla. Explorando el lugar en busca de una salida encuentran una habitación que indica que Mayumi Yamano estuvo allí antes de morir.
Teddie, un ser nativo de ese mundo con aspecto de oso de peluche, hace su aparición y os cuenta que alguien ha arrojado a una persona dentro de su mundo y que fue atacada por sombras, unos monstruos que habitan también ese mundo cuando la niebla se disipó. Teddie hace aparecer la salida y os hace salir de su mundo.
Días después aparece muerta de la misma manera Saki Konishi, una estudiante de tu instituto que fue quien descubrió el cadáver de Yamano. Yosuke, quien era cercano a Saki Konishi, os propone a ti y a Chie hacer una incursión al mundo de la televisión para investigar los asesinatos. Yosuke y tú os adentráis en el mundo de la televisión mientras Chie se queda sujetando una cuerda atada a Yosuke. Os volvéis a encontrar a Teddie, quien confirma que Saki Konishi fue arrojada a su mundo y os lleva a donde cayó. Allí os encontraréis una copia del distrito comercial, incluida la licorería de la familia de Saki Konishi. Os atacarán las sombras, pero despertarás el poder de la persona Izanagi, dios que fundó Japón junto a su esposa Izanami, a la que podrás invocar para defenderte.
Al entrar dentro de la licorería oiremos los pensamientos de Saki Konishi y saldrá a nuestro encuentro la sombra de Yosuke, un doppelgänger que es la personalización de los pensamientos reprimidos del verdadero Yosuke. Al vencer a la sombra de Yosuke y al aceptar el auténtico que su sombra es parte de él, Yosuke también obtiene el poder de invocar a su persona.
Teddie os hace prometer que averiguaréis quién está arrojando personas a la televisión. La siguiente víctima es Yukiko, la mejor amiga de Chie, pero con vuestros poderes podéis adentraros en el mundo de la televisión para rescatarla antes de que sea atacada por las sombras. Antes de ser arrojada a la televisión, la imagen borrosa de Yukiko apareció en ese extraño canal que aparece en la medianoche cuando llueve y, cuando fue arrojada, en ese mismo canal apareció un programa de bajo presupuesto donde la sombra de Yukiko, vestida de princesa, buscaba a su príncipe azul. La mente de Yukiko ha hecho que aparezca un castillo en el lugar donde cayó y ahora os tendréis que adentrar en él y, de paso, Chie tendrá que encarar a su sombra.
El sistema de combate de este RPG por turnos se basa en explotar las debilidades elementales de los enemigos. Si un personaje golpea a un enemigo con un ataque a cuyo elemento sea débil, lo derribará y ese personaje obtendrá un turno extra, aunque no lo conseguirá si el enemigo ya está derribado. Cuando sea el turno del enemigo derribado, éste se pondrá en pie y, si consigues derribar a todos los enemigos, podrás realizar un poderoso ataque combinado con todos tus personajes. Los enemigos también pueden explotar las debilidades elementales de tus personajes para obtener turnos extras. Tienes a tu disposición una pantalla de análisis del enemigo que te irá mostrando la afinidad a cada elemento en cuanto le ataques con él.
Las mazmorras que son creadas por las mentes de la gente que son arrojadas al mundo de la televisión están divididas en varios pisos que se forman de forma procedural y cada vez que entres serán distintos. Deberás buscar las escaleras para ir al siguiente piso y así hasta llegar al último, donde está la persona a la que debes rescatar.
Al contrario que los otros personajes que solo pueden usar una persona, el tuyo tiene la capacidad de usar varias y cambiar la persona equipada durante el combate una vez por turno. Las personas son seres mitológicos de diversas religiones alrededor del mundo. La persona equipada determina tus afinidades elementales, tus habilidades y tus estadísticas excepto la salud y los puntos especiales. Cada persona solo podrá tener ocho habilidades entre activas y pasivas y, cuando ya tiene ocho habilidades y aprende otra al subir de nivel, tendrás que borrar alguna habilidad antigua para hacerle hueco a la nueva. Al usar una habilidad activa en combate gastarás puntos especiales, excepto con los ataques físicos, que gastarán puntos de salud. Cuando termines una batalla hay una posibilidad de que puedas escoger entre un grupo de cartas que te darán ciertas bonificaciones. La posibilidad es mayor si has explotado las debilidades de los enemigos y algunas de esas cartas le darán una persona a tu personaje. Al principio solo podrás llevar 6 encima, pero este número irá aumentando según tu personaje alcance ciertos niveles. También podrás ir a la Sala de Terciopelo, un lugar entre la realidad y el sueño, pedir a Igor, quien se te ha ido apareciendo en sueños y te hace de guía en este misterio sobrenatural, que fusione tus personas para obtener otras. Cada persona pertenece a un arcano mayor del tarot y obtendrá una bonificación de experiencia al crear la persona si has establecido un vínculo social con el personaje correspondiente a su arcano. Solo podrás crear personas que no excedan el nivel de tu personaje pero la bonificación del vínculo social, que es mayor cuanto más profundo sea el vínculo, podrá hacer que la persona creada suba unos cuantos niveles por encima del tuyo y que, de paso, aprenda unas cuantas habilidades.
Mientras intentas resolver el caso de asesinato tendrás que asistir al instituto y forjar vínculos con otras personas. Cada día podrás elegir realizar una serie de actividades después del colegio y otra serie de cosas por la noche antes de ir a dormir. Cada vez que realices una de ellas el tiempo pasará. Una de estas actividades es pasar tiempo con una persona para mejorar su vínculo social. Para mejorar el vínculo tendrás que obtener los suficientes puntos de la relación. Se pueden obtener puntos extras para hacer avanzar la relación más rápido si llevamos una persona con el mismo arcano del vínculo y si elegimos ciertas opciones de diálogo durante las escenas en las que se fortalece el vínculo y nos deja saber más sobre el personaje con el que mantenemos el vínculo. Al fortalecer los vínculos de los personajes jugables, éstos aprenderán técnicas que resultarán útiles en combate.
Para establecer ciertos vínculos o mejorarlos necesitarás tener el suficiente nivel de una de estas cuatro estadísticas: conocimiento, coraje, comprensión, expresión y diligencia. Para mejorar estas estadísticas puedes realizar ciertas actividades como estudiar, pasar tiempo en un club del instituto, lo que también mejorará un vínculo, o trabajar. Ciertos trabajos también tendrán un vínculo social asignado y requerirán que tengas el suficiente nivel en una de las estadísticas. También hay ciertas opciones de diálogo que solo podrás usar si tienes suficiente nivel en la estadística correspondiente.
A veces, durante las clases, puede que un profesor te haga una pregunta sobre su materia. Si la contestas bien tu estadística de conocimiento subirá. Deberás recordar tanto la repuesta a la pregunta como la explicación posterior, porque entrará para examen. Durante los periodos de exámenes deberás contestar a una serie de preguntas. La nota de tus exámenes se determina por tu estadística de conocimiento y el número de preguntas que has contestado correctamente. Si sacas buena nota, los vínculos sociales con las otras personas del instituto mejorarán y Dojima te dará una buena suma de dinero.
Este juego está inspirado en la psicología de Carl Jung, que defiende la existencia de un inconsciente colectivo formado por arquetipos y usa el término sombra para referirse a la parte de la mente que una persona reprime y el término persona (máscara en latín) para la parte que proyectamos al exterior.
La versión Golden de este juego añadió contenido adicional al juego original, como los vínculos sociales con Adachi, el torpe detective compañero de Dojima, y con Marie, una nueva habitante de la Sala de Terciopelo. Si maximizas el vínculo social de Marie antes de cerrar el caso, podrás acceder a una nueva mazmorra.
El diseño de las personas que usa tu personaje es obra de Kazuma Kaneko.
