La historia de este manga empieza con los hermanos Elric, ya con 15 y 14 años respectivamente, llegando a una ciudad al este de Amestris donde veneran al dios del sol Leto y la cabeza de su religión, el padre Cornello, muestra públicamente como puede hacer milagros. El padre Cornello usa una piedra filosofal para hacer pasar transmutaciones alquimicas por milagros, ya que la piedra le permite transmutar sin respetar la ley de intercambio equivalente. Es la piedra filosofal lo que los hermanos han venido a buscar con tal de usarla para recuperar sus cuerpos y se acercarán al padre Cornello con tal de conseguirla.
En la ciudad los hermanos Elric conocerían a Rose, una joven muy devota del dios Leto a la que el padre Cornello le ha prometido resucitar a su novio, la única familia que le quedaba a la joven. Los hermanos Elric saben de primera mano que no se puede resucitar a quien ya ha muerto y se lo dejarán muy claro a Rose mientras desenmascaran al padre Cornello frente a la población de la ciudad. La piedra filosofal resulta ser falsa y se acaba rompiendo de tanto usarla el padre Cornello al enfrentarse a los hermanos Elric. Al final de esta historia se muestra como una mujer llamada Lust, quien tiene grabado un tatuaje de Uroboros, era la que le habia dado la piedra filosofal falsa al padre Cornello, del cual se deshace cuando ve que ya no le es útil. Le acompaña un hombre con otro tatuaje de Uroboros, Gluttony, que tiene la personalidad e inteligencia de un niño pequeño y que siempre está pensando en comer, acabando por devorar el cadáver del padre Cornello aunque Lust le dijo que no lo hiciera.
Cuando los hermanos Edward y Alphonse Elric tenían 11 y 10 años respectivamente, intentaron utilizar la alquimia para resucitar a su madre, pero la transmutación humana es un tabú entre alquimistas y por un buen motivo. La alquimia se basa en la ley del intercambio equivalente, la cual establece que para obtener algo hay que entregar algo de igual valor y el precio de intentar resucitar a su madre fue la pierna izquierda de Edward y el cuerpo entero de Alphonse, aunque la transmutación no salió bien y lo que resultó de ella no podría describirse como humano. Edward, desesperado por haber perdido en el proceso a su hermano, entregaría su brazo derecho para poder vincular su alma a una armadura. Edward recibe implantes mecánicos para sustituir a su miembros perdidos y junto a Alphonse, que ahora tiene una armadura hueca por cuerpo, emprendería una búsqueda para hallar la forma de recuperar sus cuerpos.
Edward obtuvo el título de alquimista nacional a los 12 años debido a que podía realizar alquimia sin dibujar un círculo de transmutación, lo que es una habilidad muy rara que obtuvo por realizar la transmutación humana. El puesto de alquimista nacional le otorga grandes privilegios, como una financiación generosa para sus investigaciones alquímicas, pero le hace formar parte del ejército como un arma humana que será llamada cuando estalle el próximo conflicto bélico, así que los hermanos Elric están en una carrera contrareloj para recuperar sus cuerpos antes de que eso pase.
El país de los hermanos Elric, Amestris, es una potencia militarista gobernada por un generalísimo, King Bradley. Este país está inspirado en la Europa de la primera mitad del siglo XX, contando con la tecnología de esa época: coches, trenes, tanques y armas de fuego. La alquimia es presentada como una ciencia que hay que estudiar para conocer la composición de los objetos y poder transmutarlos en otros más que un sistema de magia y esto se muestra desde el primer capítulo, donde Edward lista los componentes químicos que forman un cuerpo humano adulto.
En su viaje los hermanos Elric pasan por la ciudad minera de Youswell. Esta ciudad está controlada por el teniente Yoki, el cual es el dueño de la mina de la ciudad y explota a los mineros de la ciudad aprovechando su cargo en el ejército, el cual que compró, y utilizando sobornos para que sus superiores miren para otro lado. Edward sufrirá el odio de la población de la ciudad por ser un perro del ejército pero acabará por utilizar su astucia para despojar a Yoki de su puesto y de su mina.
Mientras los hermanos Elric viajaban en tren, éste es tomado por terroristas que buscaban secuestrar al general Hakuro, quien estaba de vacaciones con su familia. Ahora los hermanos Elric deberán luchar contra los terroristas para liberar el tren. Al llegar el tren a su destino, a los hermanos Elric les espera el coronel Roy Mustang, el superior de Edward en el ejército, para recoger a los terroristas capturados. Mustang hará gala de su alquimia para reducir al líder de los terroristas, la cual consiste en modificar la distribución de oxígeno en el aire para causar explosiones mediante una chispa que genera al chasquear los dedos usando unos guantes diseñados para eso.
El coronel Mustang remite a los hermanos Elric al alquimista nacional Shou Tucker, el cual pudo transmutar una quimera parlante, con tal de que les ayude con la investigación sobre como recuperar sus cuerpos. Shou Tucker vive con su hija pequeña Nina y su perro Alexander, con quienes los hermanos Elric establecen una buena relación mientras visitan la casa de Tucker para estudiar sus libros. La madre de Nina les dejó hace dos años y la quimera que creó Tucker hace dos años, por la que le dieron el título de alquimista nacional, solo decía «Quiero morirme», dejando de comer hasta que acabó muriendo. Ahora Tucker tiene que pasar una revisión anual para no perder su título de alquimista nacional, por lo que logra crear otra quimera parlante, pero los hermanos Elric acabarán descubriendo el horrendo método que Tucker empleó para crear sus quimeras.
En East City anda suelto un asesino en serie que tiene como objetivo a alquimistas nacionales. Éste usa la alquimia para hacer explotar los cuerpos de sus víctimas cuando les agarra con su brazo derecho y el ejército lo ha nombrado Scar por la enorme cicatriz en su rostro. Scar se encontraría con los hermanos Elric e intentaría matarlos, acabando Edward con el brazo prostético aniquilado y Alphonse con una gran parte de la armadura rota, lo que le dejó inmovilizado.
Habrían acabado muriendo de no ser por que acudieron a ellos refuerzos del ejército. La teniente Risa Hawkeye, mano derecha del coronel Mustang, se dedicaba a dispararle desde lejos mientras el comandante Alex Armstrong, un alquimista nacional extremadamente corpulento que realiza transmutaciones alquimicas golpeando objetos con sus guanteletes con círculos de transmutación dibujados, se dedicaba a luchar contra Scar cuerpo a cuerpo mientras hacía todo lo posible para que no lo matara.
Scar resultaría ser ishvalí, una etnia monoteísta contra la cual el ejército de Amestris libró una guerra cuando la población ishvalí se enfrentó furiosa al ejército cuando un soldado mató a un niño ishvalí, siendo este conflicto la primera vez que se usó alquimistas nacionales en combate. En este arco también hace su primera aparición Envy, un personaje que también porta el tatuaje de Uroboros y que es capaz de transformarse en cualquier persona, poder que usa para hacerse pasar por el padre Cornello y poder controlar la iglesia del dios Leto.
Los hermanos Elric deben volver a su pueblo natal para que las mecánicas de Edward le implanten un brazo prostético nuevo para que pueda reparar la armadura de Alphonse. A causa de Scar el comandante Armstrong acompaña a los hermanos Elric como escolta. Armstrong resulta ser un hombre sensible que se conmueve fácilmente y, mientras pasaban en tren por un pequeño pueblo, el comandante reconoce al doctor Marco, un alquimista que participó en la guerra de Ishval, por lo que decide hacer una parada en el pueblo. El doctor Marco ejerce como el médico del pueblo usando un nombre falso, siendo muy querido en el pueblo por su labor, y, cuando los hermanos Elric y Armstrong le encuentran, el doctor Marco les responde apuntándoles con un arma, aterrado de que hayan venido a hacerle volver al ejército o matarlo.
El doctor Marco participó en la investigación sobre la creación de la piedra filosofal durante la guerra y se trajo una de las piedras, la cual utiliza para dar sus servicios médicos, pero se niega a darle la información sobre la investigación a los hermanos Elric, ya que se arrepiente de dicha investigación y la considera algo infernal. Al final el doctor Marco cambia de parecer y le dice a los hermanos Elric que escondió los documentos de la investigación en un ala de la biblioteca nacional y les insta a descubrir «la verdad detrás de la verdad».
En su pueblo natal, Riesenburg, los hermanos Elric son recibidos por Winry, su amiga de la infancia, y su abuela Pinako, quienes llevan un negocio de prótesis mecánicas y son las mecánicas de Edward. Winry perdió a su madre y a su padre en la guerra de Ishval, a la que fueron como médicos para ayudar a quien lo necesitase. Winry y Pinako consiguen construirle a Edward un brazo nuevo en tres días y mientras él visitaría la tumba de su madre y los restos de su casa, la cual los hermanos Elric quemaron cuando iniciaron su viaje para recuperar sus cuerpos con el propósito de no tener un lugar al que volver en caso de que quieran renunciar.
Cuando por fin los hermanos Elric llegan a la capital del país, se encuentran conque el ala donde estaban los documentos del doctor Marco fue completamente quemada. Por suerte conocen a una antigua bibliotecaria de ese ala, Sheska, la cual fue despedida por pasarse leyendo en horas de trabajo. Gracias a que tenía la capacidad de memorizar el contenido de todo libro que leyera, los hermanos Elric pueden obtener de ella una copia de los documentos del doctor Marco, aunque están en clave. A los hermanos Elric les cuesta descifrar el código pero, cuando finalmente lo logran, comprendieron la actitud del doctor Marco ante su investigación.
Tras este descubrimiento los hermanos Eric acaban llegando a la conclusión de que en un laboratorio de alquimia estatal clausurado que estaba cerca de una prisión parte del ejército podría estar realizando experimentos con seres humanos. El comandante Amstrong les ordena a los hermanos Elric que no hagan nada y esperen a que él investigue el caso, asignando la tarea de vigilar a los hermanos a la alférez María Ross y al sargento Denny Brosh, quienes ejercían de sus escoltas durante su estancia en la capital. Los hermanos Elric acaban burlando a sus escoltas y yendo al laboratorio a investigar, tropezándose allí con criminales cuyas almas fueron vinculadas a una armadura de forma similar a lo que hizo Edward con Alphonse, ejerciendo esos criminales de guardias de seguridad del laboratorio. Los hermanos tuvieron que separarse justo antes de encontrarse con los guardias y el que se enfrenta a Alphonse, el asesino en serie Barry el descuartizador, le empieza a sembrar dudas a Alphonse sobre su existencia, afirmando que su alma era algo artificial y que sus recuerdos fueron creados por su hermano mayor, haciendo que la idea empiece a reconcomerle a Alphonse.
Edward ha sido hospitalizado después de su incursión en el laboratorio y ha llamado a Winry para que vaya a la capital a arreglarle el brazo derecho, que había dejado de funcionar. A Alphonse sigue reconcomiéndole la duda de si él es real, ya que sabía que su hermano tenía miedo de preguntrle algo, y acaba por encarar a su hermano para que le cuente la verdad, acusándolo de crear su alma mediante la alquimia. Winry se encuentra con la confrontación y acaba revelándole a Alphonse que lo que le daba miedo a Edward era preguntárle si le guardaba algún rencor por acabar en una armadura.
Edward recebirían la visita del mismísimo generalísimo King Bradley, el cual se muestra con una actitud muy campechana y ordena a los hermanos, a Armstrong, a Ross y a Brosh que guarden silencio sobre lo que pasó en el laboratorio, ya que no saben quien en el ejército podría estar involucrado. El teniente coronel Hughes, un aliado del coronel Mustang y alguien cercano a los hermanos Elric, también viene de visita al hospital y los hermanos le cuentan lo que pasó en el laboratorio. Hughes hace que Winry pase la noche en su casa y asista al tercer cumpleaños de su hija, de la que no para de presumir. Hughes se pone a buscar en el archivo militar sobre la información que les proporcionó los hermanos Elric y acabaría por descubrir un oscuro secreto cuando aparece Lust para silenciarlo, emprendiendo Hughes una huida con el propósito de ponerse en contacto con Mustang para comunicarle lo que acababa por descubrir.
Los hermanos Elric parten en un viaje hacia el sur del país con rumbo a Dublith para visitar a su maestra de alquimia y preguntarle por la transmutación humana. Winry les acompaña en su viaje porque les pilla de paso la ciudad de Rush Valley, la meca de las prótesis mecánicas. En Rush Valley una ladrona con piernas protésicas llamada Paninya le roba a Edward su reloj de plata, su acreditación como alquimista nacional, lo que lleva a que los hermanos Elric la persigan por toda la ciudad. Cuando por fin es atrapada, Winry, impresionada por sus piernas prostéticas, le obliga a presentarle al mecánico que las construyó.
Este mecánico, Dominic, vive aislado en las montañas junto a su hijo, Riddle, y su nuera, Satera. Winry le pedirá a Dominic que la tome como su aprendiz, pero éste se niega. Paninya intentará pagarle por sus implantes de las piernas, pero también se negará a recibir el pago, ya que implantarle prótesis mecánicas es algo que decidió él por su cuenta cuando vió a una Paninya de niña sin piernas cuyo rostro reflejaba que había perdido las ganas de vivir.
Satera, quien estaba embarazada, rompe aguas mientras empieza una tormenta que derriba el puente que servía como la ruta más rápida a la ciudad. Winry tendrá que usar los conocimientos que adquirió cuando era niña leyendo los manuales de medicina de su padre y de su madre, que eran médicos, para garantizar que ni la madre ni el bebé sufran daños durante el parto mientras Dominic va a buscar a un médico usando el camino largo y los hermanos Elric, quien habían realizado la transmutación humana, tienen la oportunidad de observar el milagro del nacimiento mientras ayudan a Winry.
Winry acaba por quedándose en Rush Valley como aprendiz de un mecánico recomendado por Dominic, Garfiel. Paninya por su parte ha decidido dejar de robar y dedicarse a un trabajo honrado, por lo que Dominic empieza a aceptar sus pagos.
Los hermanos Elric hacen una visita a su maestra, Izumi Curtis, quien suele presentarse como una ama de casa y regenta una carnicería junto a su marido. Los niños y niñas de Dublith acuden a Izumi para que les repare sus juguetes, evitando Izumi usar alquimia siempre que puede para no depender de ella para todo, y, cuando una niña le trae su mascota muerta para que se la arregle, Izumi deberá enseñarle sobre la muerte y que no se puede deshacer. A Izumi no le hace gracia que Edward se haya convertido en un perro del ejército y enseguida se da cuenta que los hermanos habían realizado la transmutación humana, algo que les prohibió tajantemente, por el estado de sus cuerpos y porque Edward puede transmutar sin dibujar un círculo como ella.
Izumi le pide a los hermanos que le cuenten todo desde el principio y la historia mostrará ahora la infancia de los hermanos Elric, como aprendieron alquimia a una temprana edad leyendo los libros de su padre ausente, como su madre murió, como conocieron a Izumi Curtis y como ésta aceptó eneseñar alquimia a los hermanos. Izumi les pone una prueba como condición para enseñarles alquimia. Durante un mes deberán sobrevivir en una isla desierta situada en medio de un lago de Dublith. No podrán usar la alquimia y solo contarán con la ayuda de un cuchillo para conseguir comida. Y durante ese mes deberán averiguar el significado de la frase «Uno es todo y todo es uno».
Edward tiene que marcharse a otra ciudad con urgencia para pasar la evaluación de alquimista nacional y a Alphonse se le acercan unas personas extrañas que saben que su alma está ligada a una armadura y quieren saber el secreto de su cuerpo, para lo cual lo capturan. Estas personas estaban en el ejército hasta que fueron sometidas a experimentos donde las convirtieron en quimeras al fusionarlas con animales. El jefe de estas personas es Greed, alguien que lleva el tatuaje de Uroboros y dice ser un homúnculo, un humano artificial, cosa que demuestra a Alphonse mostrándole la enorme capacidad de regeneración de su cuerpo. Aun con las capacidades de su cuerpo, Greed busca tener uno como el de Alphonse, ya que lo ve como un cuerpo inmortal que no necesita comer ni descansar. Como es Edward el que conoce la técnica del vínculo del alma, Greed tendrá que esperar a su regreso para poder hacer un trato con él.
Mei Zhang ha llegado a Amestris desde el país de Xing atravesando un desierto, algo que ha sido increiblemente duro para una niña que cuenta con la única compañía de una panda enana, acabando por desmayarse en un pueblo fronterizo de Amestris, siendo salvada por la hospitalidad local. Mei domina la Waidan, la alquima propia de Xing que nació para fines médicos, y el próposito de su viaje es encontrar la forma de conseguir la inmortalidad. De vuelta en Rush Valley, los hermanos Elric se encontrarían con Ling Yao, un joven viajero de Xing que también busca la inmortalidad y que atravesó el desierto con tal de visitar las ruinas de Xerxes, una antigua civilización que cayó en una sola noche.
Ling pregunta a los hermanos Elric por la piedra filosofal y, ante la negativa de éstos de revelarle nada, Ling envia a sus gualdaespaldas, Fu y su nieta Lan Fan, para que le saquen la información a la fuerza. Tanto Fu como Lan Fan exhiben una gran agilidad y un gran dominio en artes marciales, así que no será sencillo para los hermanos derrotarles en combate.
La alférez María Ross ha sido detenida por el asesinato de cierto oficial del ejército aún si es inocente. Todo este proceso es muy irregular, pareciendo que su único propósito es usar a la alférez como chivo expiatorio. Barry el descuartizador, quien se encontraba escondido en el apartamento de uno de los hombres de Mustang desde que la teniente Hawkeye lo capturó, decide escapar para liberar a María Ross, a la que los periódicos ya declaraban culpable antes de que ella recibiera un veredicto oficial, pero Mustang frusta la huida de la alférez y la quema viva.
El comandante Armstrong se lleva a rastras a Edward con la excusa de que tiene que volver a su pueblo a que le reparen su prótesis, pero el objetivo de su viaje son las ruinas de Xerxes, donde Armstrong le quiere enseñar algo sin que nadie del ejército se entere. Ling, quien conoció a Barry durante su operación de rescate, se ha quedado en el apartamento donde Barry se esconde, llamando a Fu y Lan Fan para que acudan a su lado.
El grupo de homúnculos quieren librarse de Barry, por lo que envían a su cuerpo, que tenía ligada el alma de algún animal, para que lo rastree. El grupo de Mustang ya estaba preparado para un ataque y se enzarzan en la batalla contra el cuerpo de Barry, pero la aparición de dos homúnculos, Gluttony y Envy, obliga a Mustang a participar en la batalla en persona. Ling va a buscar a Alphonse para que también participe y Lan Fan es capaz de percibir a Envy debido a su entrenamiento, aunque se esconda o use su poder para cambiar de apariencia, ya que Lan Fan es capaz de sentir muchas personas dentro de Envy.
Mustang y compañía consiguen acorralar a los homúnculos hasta una de sus guaridas en una de las instalaciones militares, lo que revela su relación con el ejército. Mustang allí se topará con Lust y tendrá que librar una batalla encarnizada de la que no saldrá ileso.
Edward sale del país guiado uno de los hombres de Mustang con rumbo a las ruinas de Xerxes. Allí les esperaba Fu y le cuentan a Edward el plan secreto de Mustang para la conspiración contra María Ross. Fu le relata una leyenda de su país sobre un sabio que vino desde el oeste cuando cayó Xerxes y fue el que tajo la alquimia a Xing. Casualmente, en Amestris tienen una leyenda similar, donde es un sabio llegado desde el este el que trae la alquimia al país cuando Xerxes cae. Edward ve en una de las paredes de las ruinas un extraño círculo de transmutación que le recuerda a uno que vió en el laboratorio de investigación en el cual se infiltró.
De vuelta a su pueblo natal, Edward se encuentra con que su padre, Van Hohenheim, ha vuelto y está frente a la tumba de su madre, apenado de que ella no pudo esperar a su regreso. Hohenheim acaba de enterarse de que su mujer murió y Edward le guarda rencor por haberlos abandonado, culpándole de la muerte de su madre. Hohenheim es un hombre misterioso que no envejece y pone nerviosos a los animales con su presencia. Es un viejo amigo de Pinako y ella le pone al día de todo lo que pasó en su ausencia y él le pide llevarse la única foto en la que sale él, su esposa y sus dos hijos, acabando por avisar a Pinako que algo horrible pasará en el país.
Justo antes de marcharse, Hohenheim empieza a cuestionar si lo que transmutaron sus hijos era en verdad su madre, haciendo dudar a Edward. Ante las palabras de su padre, Edward se pone a exhumar el producto de la transmutación humana para descubrir que aquello no tenía ningún parecido con su madre.
Scar, quien se creía que había muerto, ha vuelto y ha matado a un alquimista nacional. Edward, quien por sus encuentros con los homúnculos sabe que lo necesitan vivo para algo, decide hacer de cebo para atraerlos haciendo que Scar vaya a por él, contando con el apoyo del coronel Mustang. Ling y Lan Fan participan en el plan con tal de capturar un homúnculo para obtener el secreto de la inmortalidad. Por su parte, Mei, la niña que vino de Xing, acaba siguiendo a Scar después de ser encontrada desmayada por Yoki, aquel dueño de la mina al que Edward engañó y que ahora Scar obliga a acompañarlo desde su encuentro en un campo de refugiados de Ishval.
El plan tiene éxito y dos homúnculos acuden, Gluttony y Wrath, siendo Ling y Lan Fan quienes deben enfrentarse a ellos. Wrath resulta ser un habilidoso espadachín que avasalla a Ling y Lan Fan, no dejándoles mucho espacio para escapar cuando ven la diferecia entre sus fuerzas, por lo que Lan Fan tendrá que hacer un gran sacrificio para proteger a su señor.
Después de haber capturado a Gluttony, éste es llevado a una casa a las afueras. En cuanto Gluttony ve que llega Mustang, enloquece por el rencor que le guarda y se abre una enorme y monstruosa boca en su torso que engulle todo lo que encuentra a su paso. Mustang escapa y Edward, Alphonse y Lin se quedan para combatir al homúnculo. Envy llega al encuentro de Gluttony y debe procurar que no devore a los hermanos Elric, ya que los necesitan para sus planes, pero, en el fragor de la batalla, Edward, Lin y Envy son devorados.
Edward y Lin aparecen en un lugar oscuro que parece no tener fin y cuyo suelo está cubierto de sangre. En este lugar han ido a parar lo que Gluttony ha ido engulliendo a lo largo de los años, incluyendo fragmentos de las ruinas de Xerxes con un círculo de transmutación humana. Ante tal situación, Edward se verá obligado a colaborar con Envy con tal de encontrar un modo de salir de ese espacio.
Mientras tanto, Alphonse convence a Gluttony de que lo lleve ante su líder, aquel al cual los homúnculos llaman padre, para preguntarle si conoce un método para sacar a su hermano de la tripa de Gluttony. Gluttony guiará a Alphonse por los pasos subterráneos bajo la capital mientras que Scar y Mei, quienes habían visto a Gluttony y Alphonse juntos, deciden seguirles.
En este arco se muestra lo que realmente pasó en el genocidio de Ishval. La teneinte Hawkeye le contará a Edward su participación en el conflicto mientras que el doctor Marco, quien fue encontrado en su celda por Scar mientras recorría los túneles subterraneos, le desvelará al ishvalí su participación en los horribles experimentos que se realizaron usando a la población ishvalí para la creación de la piedra filosofal.
El objetivo del ejército en Ishval era el total exterminio de su población, lo que no solo incluía a los combatientes isvhalies que se enfrentaban al ejército de Amestris, sino a toda la población civil. Éste fue el primer conflicto en el que se usó a los alquimistas nacionales, quienes eran capaces de causar una destrucción masiva. El comandante Armstrong no pudo soportar participar en la matanza, por lo que se le retiró del frente por desobediencia. Mustang, quien se había unido al ejército con ideales sobre proteger a la gente y buscar un futuro próspero, acaba usando la alquimia para arrasar con vidas inocentes con sus llamas, un crimen de guerra con el que tendrá que cargar durante toda su vida. Hawkeye, quien había elegido seguir a Mustang debido a sus ideales, también tendrá que cargar con su participación en la masacre. Por otra parte, Kimbley, el alquimista carmesí, disfruta con la matanza de ishvalies, arrasando con todo a su paso causando explosiones, las cuales son potenciadas por la piedra filosofal que le fue entregada para que la probase.
Durante el conflicto, el hermano de Scar se dedicaba a estudiar la alquimia, llegando a sus manos tratados de la alquimia de Xing. En sus investigaciones se había dado cuenta de que había algo raro con la alquimia de Amestris y acaba confiándolas notas sobre sus investigaciones a Scar para que las proteja.
Scar se ha llevado con él al doctor Marco y emprende junto con Mei un viaje hacia el norte del país, donde había escondido las notas sobre alquimia de su hermano. Los hermanos Elric también emprenden una viaje hacia el norte para buscar a Mei, ya que es la única alquimista de Xing que conocen y dicha alquimia podría ser la clave para poder vencer a los homúnculos.
Cuando los hermanos Elric se acercan a la fortaleza fronteriza de Briggs son detenidos por uno de sus soldados al sospechar que podrían ser espías de Drachma, el país del norte. La general Olivia Armstrong, quien lidera con puño de hierro a sus soldados, intenta sonsacarle por la fuerza información sobre sus verdaderas intenciones a los hermanos Elric, pero éstos se empeñan en guardar silencio ya que los homúnculos han amenazado con hacerle daño a Winry si se oponen a ellos, por lo que les costará poner a la general de su parte. Mientras, los soldados de Briggs descubren a un homúnculo cavando un túnel por debajo de la fortaleza. Los soldados creen que es una nueva arma biológica de Drachma y el hecho de que los hermanos Elric parezcan estar familiarizados con la criatura los hace aún más sospechosos.
Mientras, los homúnculos, usando su influencia en el ejército, liberan a Kimbley, quien fue encerrado por matar a oficiales del ejército en la guerra de Ishval, y lo envían a una misión al norte para que se enfrente a Scar y recupere al doctor Marco, para lo que Kimbley pedirá ayuda a los hermanos Elric, haciendo que Winry viaje a Briggs para hacerle el mantenimiento de las prótesis a Edward con el objetivo de poder usarla como rehén para poder controlar a los hermanos.
Los homúnculos ya han acabado con los preparativos para su plan, solo les falta que ocurra un eclipse para poder ejecutarlo, lo cual ocurrirá pronto. Los hermanos Elric no estarán solos a la hora de frustar ese plan, ya que varias facciones se han movilizado para tal objetivo, como el batallón de Olivia Armstrong o un grupo de ishvalíes que están ayudando a Scar para utilizar las investigaciones de su hermano para contrarestar el plan de los homúnculos. La batalla final se acerca, pero en su víspera los hermanos Elric tendrán antes que enfrentarse a Pride, el primero y el más fuerte de los homúnculos.
