El manga de Ghost in the shell, escrito y dibujado por Shirow Masamune, nos presenta un Japón de un futuro cercano, donde los cyborgs son habituales y sus cerebros han sido modificados para poder conectarse a la red. La mayor Motoko Kusanagi es una cyborg de cuerpo completo, es decir, solo su cerebro es orgánico. Trabaja en la División 9, un cuerpo de policía militar encargado de incidentes internacionales y de operaciones anti-terroristas que forma parte de seguridad pública.
El manga tiene una estructura episódica y la película adapta los capítulos del manga correspondiente a la trama del titiritero, un misterioso hacker del que se desconoce su identidad y es capaz de hackear cerebros para modificar la memoria de las personas y controlarlas como si fueran títeres. El primer encuentro de la sección 9 con el titiritero se da cuando intenta hackear el cerebro de la intérprete de un ministro, usando para ello a un basurero al que ha modificado la memoria para que crea que la intérprete es su mujer y que le ha pedido el divorcio. La mayor Kusanagi acabará por descubrir la sorprendente identidad del titiritero y éste le hará una petición muy peculiar.
