Aparecemos jugando a una máquina recreativa donde controlaremos a un poni que correrá automáticamente y deberemos pulsar el botón de salto en el momento justo para saltar vallas. La máquina estaba rota, así que hemos tenido que hackearla para poder jugar. Después de jugar el primer nivel, la máquina nos pedirá nuestra alma para continuar, pero podremos hackearla otra vez para sortear esa exigencia.
Alguien nos contactará por medio de mensajes de chat a través de la máquina. Esta persona nos ayudará a liberarnos de nuestro captor. Para hacerlo deberemos encontrar los tres archivos esenciales y borrarlos. El juego de ponis es el programa perfecto para buscar vulnerabilidades en el sistema para explotarlas con tal de hallar los archivos.
Para las fases de poni desbloquearemos un láser que podremos apuntar con el ratón para acabar con los enemigos. Solo podremos usar el láser durante unos instantes, debiendo esperar a que se recargue mientras no lo usamos. Estas fases son cortas y deberemos empezarlas desde el principio si chocamos con algo.
El hackeo consiste en alterar el flujo del programa. Una llave se irá moviendo en una columna de código de arriba hacia abajo y volverá al punto de inicio si llega hacia abajo. El código tendrá espacios para ciertas casillas que afectarán el flujo del código. La flecha que forma un círculo devolverá a la llave hasta el inicio. La flecha hacia abajo hará que la llave siga bajando. Las flechas hacia la izquierda o la derecha hace que la llave se mueva hacia la otra columna. Y los dos portales hace que la llave, al llegar a uno, aparezca en el otro. El objetivo es hacer que la llave llegue a cierta parte del código que tiene el hueco de la llave. La llave solo se moverá si todos los huecos para casillas dentro del código están ocupados. Si quitas una casilla de su sitio, la llave se detendrá.
Pony Island cuenta con textos en castellano.