Utena, adolescente de 14 años, ha ingresado en la academia Ohtori siguiendo la pista de una serie de postales que le ha ido enviando un misterioso hombre que la salvó de ahogarse cuando era niña. Utena ve a ese hombre como su príncipe y desea más que nada reencontrarse con él. En la academia puede ver como Saionji, presidente del club de kendo y vicepresidente del consejo, maltrata a su compañera Anthy y expone en el tablón la carta de amor que le había entregado Wakaba, la mejor amiga de Utena. Esto hace que Utena rete a Saionji a un duelo. La puerta del área designada para el duelo se abre con el anillo con el emblema de la rosa que Utena recibió de su misterioso príncipe y sobre la zona se puede ver suspendido un castillo invertido. Saionji saca una espada real del pecho de Anthy para batirse contra Utena, quien solo portaba una espada de bambú, pero Utena acaba siendo la ganadora del duelo.
Anthy es la novia de la rosa, por lo que es disputada en duelos y se promete con quien gane, obedeciendo todas sus órdenes. Solo se pueden batir en duelo para obtener a la novia de la rosa los miembros del consejo de la academia, quienes portan un anillo con el emblema de la rosa, la llave del área de duelos. La espada que le sale del pecho a Anthy es la espada de Dios y todo esto de los duelos está organizado por alguien a quien los miembros del consejo se refieren como el fin del mundo, todo con el objetivo de que quien gane los duelos obtenga el poder de Dios, el poder de revolucionar el mundo.
Ahora es Utena quien se ha proclamado la campeona de los duelos y quien está prometida a Anthy. Utena detesta que a Anthy se la disputen como si fuera un trofeo y decide ser su príncipe protector mientras intenta que Anthy la vea como a una amiga, deje su carácter dócil y obediente y establezca amistad con alguien más, ya que el único amigo de Anthy era un mono.
Toga, el presidente del consejo y un mujeriego, se llega a enamorar de Utena y la besa a la fuerza. Utena detesta por ello a Toga, pero tendrá que seguirle el juego para que le dé más información sobre los duelos y la novia de la rosa.
Participación de autoras
La autora de este manga es Chiho Saito y la historia original es de Be-Papas, colectivo de artistas fundado para crear el anime de Utena y del cual la autora forma parte.
