Ichiban Kasuga es el hijo que una prostituta tuvo con uno de sus clientes. Su madre lo dejó en el prostíbulo donde ejercía y desapareció, así que el dueño del prostíbulo y las demás prostitutas lo criaron. De adolescente Ichiban conocería a Masumi Arakawa, el patriarca de una familia yakuza que dejó una gran impresión en Ichiban cuando lo salvó de una familia yakuza rival, lo que hizo que Ichiban se uniera a la familia Arakawa. Arakawa le pide a Ichiban que cumpla una condena de cárcel por asesinato en lugar de su teniente para salvaguardar el futuro de la familia y Ichiban, que idolatra a Arakawa, accede y pasa en prisión 18 años. Cuando sale no es recibido por nadie de la familia Arakawa, sino que en su lugar le espera Adachi, un antiguo detective de la policía trasladado al departamento de tráfico que busca que Ichiban colabore con él para destapar las conexiones entre Arakawa y el comisario de la policía. Adachi le cuenta que Arakawa traicionó al clan Tojo contándole todas sus operaciones a la policía y que sus acciones podrían estar motivadas por la muerte de su hijo discapacitado, al que Ichiban se encargaba de cuidar antes de ingresar en prisión. Esto le valió un puesto alto en el rival del clan Tojo, la alianza Omi, que ahora controla su territorio mientras no se ve afectada por las nuevas leyes anti-yakuza. Ichiban insiste en ver a su antiguo jefe en persona, acudiendo a una reunión de la alianza Omi, pero esto causa que Arakawa le dispare personalmente. Ichiban sobrevive milagrosamente y acaba en un asentamiento de indigentes en un barrio de Yokohama, siendo su herida curada por Nanba, un antiguo enfermero que ahora vive en la calle.

El distrito de Yokohama al que Ichiban ha ido a parar, Isezaki Ijincho, está controlado por la mafia china, un clan yakuza y la mafia coreana. Estas facciones se disputan el control del distrito pero están en una especie de guerra fría donde evitan atacarse directamente, formando un equilibro y no permitiendo que otra organización criminal opere en Ijincho, lo que lo hace ideal para mantener a Ichiban fuera del alcance del clan Omi. Ahora Ichiban es un indigente y comprobará por las malas lo difícil que es salir de la calle, ya que para conseguir trabajo necesita un domicilio, teniendo que recurrir a trabajar de forma irregular hasta que la dueña de un prostíbulo clandestino les deja a él y a Nanba utilizar su local como domicilio para conseguir un trabajo de forma regular, tras lo cual se les unirá Adachi en cuanto localice a Ichiban, el cual ha sido despedido por ayudar a Ichiban a colarse en una reunión del clan Omi y ahora también debe buscar trabajo.

Este trío se topará con un asesinato de un civil por parte de la mafia china en territorio de la yakuza, lo cual es una provocación de guerra. Saeko, quien trabajaba para la víctima en un cabaret, se une al grupo para averiguar la identidad del asesino. Una guerra entre las tres facciones del mundo criminal de Ijincho causaría un gran derramamiento de sangre, así que Ichiban se propondrá evitar que ocurra.

Imágenes tomadas de la versión de PC del juego

Ichiban ha crecido jugando a Dragon Quest, de donde sacó sus valores morales y que hace que, cada vez lucha con alguien, se comporte como si el combate fuera por turnos, dejándose golpear, siendo está la razón que da el juego dentro de su universo al porqué la saga Yakuza, que tradicionalmente era un beat’em up, ha cambiado su estilo de combate por el de un RPG por turnos. El combate por turnos tendrá lugar en el mismo escenario que la parte fuera del combate, lo que implica que habrá obstáculos durante el enfrentamiento. Algunos objetos que estén por el medio serán pateados por un personaje para quitarlos de en medio mientras va a atacar a un contrincante, pudiendo golpear estos objetos a un enemigo y causar daño adicional. Tus contrincantes irán tomando posiciones dentro del área del combate a las que deberás prestar atención, ya que, si cuando usas un ataque normal tu personaje pasa cerca de un enemigo distinto al que iba a golpear, éste le atacará e impedirá que realice su ataque y, además, algunas de las habilidades de tus personajes causarán daño de área. Al atacar a un enemigo puede que éste caiga al suelo y, si uno de tus personajes distinto al que ha atacado está cerca de él, realizará un ataque adicional al enemigo que está en el suelo. Los ataques a enemigos en el suelo causan más daño pero los enemigos se levantarán pasado un tiempo, no estando esta acción ligada a los turnos. Cuando un enemigo ataque a uno de tus personajes, podrás hacer que se cubra para reducir daño si pulsas un botón en el momento justo que reciba el ataque. Tus personajes tendrán técnicas que gastarán puntos especiales para usarlas y entre ellas hay tanto habilidades ofensiva como de apoyo, incluidas habilidades curativas. Algunas de estas habilidades podrán aumentar su daño si pulsas repetidamente un botón, otras requerirán que pulses otro en el momento que se te indique y habrá algunas que combinen estas dos acciones. Hay distintos tipos de daño que dependerán del arma que utilice tu personaje o la técnica que uses y, adicionalmente, habrá técnicas que causen daño elemental. Los enemigos serán débiles a algún tipo de daño, así que podrás aprovechar esto para causarles más daño.

Podrás asignarles a tus personajes distintos trabajos en la oficina de empleo. Cada trabajo tendrá un rango que irá subiendo a medida que tu personaje combata utilizándolo, lo que hará que aumente la bonificación de estadísticas que el trabajo le da a tu personaje. Las técnicas especiales están asociadas a un trabajo y se irán aprendiendo al alcanzar cierto rango, teniendo cada trabajo un par de técnicas que, una vez aprendidas, podrás usar mientras tu personaje tiene asignado otro trabajo. Cada personaje tendrá unos requisitos distintos para cada trabajo. Los requisitos para Ichiban será tener el nivel suficiente en una de las características de su personalidad para poder asignarle el trabajo. Habrá varias formas de aumentar estas características, pero la más fácil es acudir al centro de formación y superar el examen de uno de sus cursos. Habrá zonas donde solo podrás acceder si tienen el nivel suficiente en alguna característica y algunas habilidades de Ichiban son más efectivas cuanto más alta sea una determinada característica. Los requisitos para los trabajos de tus otros personajes será su nivel de relación con Ichiban. Al combatir tus personajes aumentarán su relación con Ichiban y, cuando haya aumentado lo suficiente, deberás ir a cierto bar para presenciar un evento donde dicho personaje hablará con Ichiban, podrás conocer más sobre él y aumentará el nivel de su relación.

Hay disponibles muchos minijuegos dentro de la ciudad. Están los habituales de la saga Yakuza: karaoke, centros de bateo, golf, shoji, mahong y juegos de casino. Hay disponibles salones recreativos donde podrás jugar a juegos clásicos de Sega: Space Harrier, Out Run, Super Hang-On, Fantasy Zone, Virtual Fighter 2.1 y Virtual Fighter 5.
Habrá un minijuego de recoger latas llevando un carro durante un límite de tiempo. Hay un cine de películas clásicas que cuenta con un minijuego donde, para evitar que Ichiban se duerma, deberás espantar a los carneros que vayan apareciendo pulsando el botón que se muestra encima de ellas. También aparecerán gallos a los que no debes hacerles nada, ya que harán que Ichiban esté más cerca de dormirse si los espantas, pero despejarán a Ichiban si los dejas en paz. Hay disponible una competición de karts donde se usan objetos para entorpecer a los contrincantes o para acelerar. Los objetos estarán repartidos por todo el circuito, podrás llevar hasta dos a la vez y algunos tienen más de un uso. Los karts tienen barra de vida y solo se verán afectados por objetos que lancen los oponentes cuando su barra de vida esté a cero. Por el circuito también habrán repartidos anillos de dragón, que aumentarán tu velocidad máxima, restablecerán la barra de salud de tu kart y luego podrás canjearlos por premios. Las competiciones de karts se basan en torneos de tres carreras por circuitos situados por la ciudad. Cada torneo tendrá a un par de corredores que siempre ocupan las primeras posiciones y tendrán una personalidad marcada, actuando como rivales y pidiendo la revancha cuando les ganes.

Ichiban acabará convirtiéndose en el CEO de una empresa, dulces Ichiban, que casualmente se llama como él, cuando la nieta del fundador, Eri, acude a pedirle ayuda a una persona que por las circunstancias ya no está disponible y Ichiban era la persona que estaba más cerca en ese momento. Su abuelo consiguió crear un gran grupo empresarial empezando con una tienda de dulces pero, tras su muerte, un grupo empresarial rival engañó a Eri con un trato que le hizo perder casi toda la empresa, quedándole solo la tienda de dulces con la que empezó todo. El minijuego de gestión empresarial consiste en ir comprando negocios e ir contratando personal para que trabajen en esos negocios con el fin último de aumentar el valor de las acciones y hacer que la empresa se posicione más alto en el ranking del valor de las acciones. Los fondos de la empresa son independientes del dinero de Ichiban. Solo podrás tener un número máximo de locales que irán aumentando según tu empresa vaya subiendo en el ranking, pero podrás ir vendiendo los que ya tenías para comprar otros que generen más beneficios. Los locales se pueden mejorar para aumentar sus ingresos y su valor de venta y el personal podrá subir de nivel según adquiera experiencia trabajando o al contratar cursos de formación, lo que aumentará su rendimiento económico. Para que tu empresa genere ingresos deberás darle a la opción de abrir el negocio y entonces se calcularán los ingresos de tu empresa tras descontar los gastos de mantenimiento y personal. Cada cuatro veces que hagas esto tendrás que acudir a una junta de accionistas para aplacar sus quejas. Puedes elegir a cuatro miembros de tu personal y podrás seleccionarlos para que contesten a las preguntas que tus accionistas te vayan realizando. Tendrás puntos de acción que tendrás que gastar para que tu personal actúe y estos puntos se irán regenerando gradualmente, pero tus accionistas se impacientarán si no les contestas durante mucho tiempo. Tu objetivo es ganar una tasa de aprobación lo suficientemente alta entre tus accionistas, lo cual no solo aumentará el valor de las acciones de tu empresa, sino que le proporcionará a Ichiban una bonificación económica para sus fondos personales, siendo ésta la manera más rápida de conseguir dinero en el juego. Además de contar con la ayuda de tu personal, Ichiban podrá disculparse para aplacar a sus accionistas. Con el tiempo se irá llenando la barra de disculpa y ésta cuenta con tres niveles. Si te disculpas cuando la barra está aun en el nivel uno podas aplacar a tus accionistas pero en niveles superiores tus accionistas serán paralizados y no actuarán durante un tiempo.

Este juego dispone de textos en español y voces en inglés y japonés.