Tu personaje decide echarle un vistazo a su dispositivo de mascota virtual Digimon después de unos cuantos años sin usarlo cuando es absorbido por dicho dispositivo. Acaba en el mundo digital, un mundo habitado por Digimon, y descubre que hay Digimons que se transforman en Machinedramon, un poderoso Digimon, y empiezan a destruirlo todo a su alrededor. Un Machinedramon ha destruido la ciudad de Floatia, reduciéndola a una pequeña aldea. Ahora tu personaje deberá explorar el mundo digital acompañado de sus dos compañeros Digimon para investigar la causa de las transformaciones en Machinedramon mientras intenta reclutar a Digimon para que se unan a la ciudad y ésta recupere su esplendor.
Al empezar el juego podrás elegir entre un personaje masculino o femenino, pero no podrás cambiar su apariencia. Tus Digimon requerirán de tus cuidados. Deberás darles de comer cuando tenga hambre, ponerlos a dormir cuando tengan sueño y llevarles al baño para que hagan sus necesidades antes de que las hagan en el suelo. En la ciudad hay un huerto que te entregará unos trozos de carne cada día y puedes encontrar comida explorando fuera de la ciudad. Hay baños en puntos concretos del mundo y podrás usar baños portátiles, pero estos son de un solo uso. Tus Digimon irán digievolucionando a etapas superiores según pase el tiempo, teniendo dos etapas de bebé, una de novato, una de campeón, una de definitivo y una de mega. Tus Digimon tienen la posibilidad de digievolucionar a distintas especies de Digimon y será una serie de variables la que determinará a que evolucionan. Estas variables son el tener un valor mínimo en ciertas estadísticas, tener un nivel de disciplina mayor o menor de cierto valor, tener un peso superior o inferior a cierto valor y tener un número mínimo de victorias. Para digievolucionar a las etapas de definitivo y de mega se necesita cumplir con los requisitos de alguna digievolución antes de que el Digimon se muera de viejo. En ciertas ocasiones el juego te dará la opción de felicitar o regañar a tus Digimon. Si haces alguna de esas dos acciones obtendrás algo de información sobre a lo que tus Digimon pueden digievolucionar y algunos de los requisitos de las digievoluciones. Las estadísticas de tus Digimons subirán cuando ganen un combate o cuando entrenes en el gimnasio de la ciudad. El gimnasio te permitirá elegir que estadística entrenar, pero gastarás una hora cada vez que entrenes. Es recomendable escoger una dificultad baja para evitar tener que pasar horas entrenado a tus Digimon, pudiendo cambiar de dificultad en cualquier momento hablando con un personaje de la ciudad.
Tus Digimon morirán de viejos tarde o temprano y renacerán como bebés, teniendo que entrenarlos de nuevo. Hay varias formas de obtener un progreso permanente en este juego. La primera es que tu personaje tiene un árbol de habilidad con diversas mejoras para la crianza y dentro del combate, incluyendo el aumento de los puntos de estadísticas que tus Digimon ganan en combate, en el gimnasio y al digievolucionar. Tu personaje obtendrá puntos de experiencia realizando varias tareas, como explorar o combatir, y, al subir su nivel, obtendrá puntos de habilidad que podrá usar para gastar en su árbol de habilidad. Otra de las formas de progreso permanente es reclutar a Digimon para que vengan a la ciudad y te ofrezcan sus servicios, habiendo uno que mejorará los aparatos de entrenamiento del gimnasio a cambio de dinero y de haberlos usado lo suficiente. Y la última es usando el taller de la ciudad para mejorar las instalaciones a cambio de materiales que podrás ir recolectando por el mundo, siendo el gimnasio una de las instalaciones que podrás mejorar para aumentar sus efectos.
A la hora de combatir tus Digimon atacarán automáticamente usando las técnicas que les has equipado, las cuales gastarán PM, no pudiendo hacer nada tus Digimon por su cuenta al agotarse sus PM. Podrás usar objetos en ellos, ordenarles que gasten más o menos PM o que usen uno de sus ataques, pero esto último gastará puntos de orden del Digimon al que le des la orden en lugar de gastar PM. Para conseguir puntos de orden deberás pulsar un botón para darles apoyo a tus Digimon, pero tendrás que esperar unos instantes para darles apoyo de nuevo. Si pulsas el botón de apoyo en el momento justo que tus Digimon inflingen o reciben daño, la cantidad de puntos de orden que reciban será mucho mayor. Tus Digimon tienen un ataque definitivo especialmente poderoso que solo podrán usar cuando se lo ordenes, gastando 150 puntos de orden y pudiendo hacer que tus dos Digimon lo usen a la vez. También podrás fusionar a tus Digimon gastando 150 puntos de orden cada uno, surgiendo de la fusión un Digimon muchísimo más poderoso que usará su técnica definitiva justo después de la fusión. Para poder fusionar a tus Digimon deberán tener la suficiente amistad entre ellos y al menos uno de ellos deberá alcanzar la etapa mega y el otro ser de la etapa campeón como mínimo. Solo podrás realizar la fusión una vez al día. Empezarás un combate con un Digimon hostil si entras en contacto con él y, aunque puedes huir, tus Digimon perderán muchos puntos de amistad entre ellos, así que no es recomendable huir de los combates.
Este juego dispone de textos en castellano y voces en inglés y japonés.
