Después de los eventos de Ocanina of Time, tu personaje emprende un viaje en busca de una amiga que se marchó. Durante ese viaje Skullkid y las hadas Taya y Tael le tiran de su yegua y le roban la ocarina del tiempo. Tu personaje les persigue pero Skullkid, quien porta una máscara con poderes malignos, le convierte en un deku, una raza de plantas humanoides. Skullkid deja atrás a Taya y ahora ella tendrá que formar equipo con tu personaje para reencontrarse con él. Se topan con un vendedor de mascaras que dice que la máscara que porta Skullkid se la robó a él y le pide a tu personaje que la recupere a cambio de regresale a su forma humana, pero tendrás que recuperar la ocarina y hacerlo todo en un plazo de 3 días.
Skullkid ha usado sus poderes para atraer la luna y hacer que se estrelle en ese plazo de 3 días. Cuando, tras seguir su pista, lo encuentras cuando la luna está a punto de estrellarse, Tael os dice que traigais a aquellos cuatro que se encuentran en el pantano, la montaña, el océano y el cañón con tal de detener a Skullkid. Al quitarle la ocarina del tiempo a Skullkid tocas la canción del tiempo para regresar al momento en el que te encontraste con el vendedor de máscaras. Él te vuelve a tu forma humana pero aún tienes que recuperar la máscara y detener a Skullkid, por lo que tendrás que encontrar a aquellos de los que te habló Tael, necesitando recurrir al poder de tu ocarina para repetir el ciclo de tres días para tener el suficiente tiempo.
Además de contar con los movimientos de la forma humana de tu personaje provenientes de Ocarina of Time, podrás usar máscaras para transformarte en otras razas. Cuando seas un deku tu personaje podrá dar vueltas sobre sí mismo mientras avanza para atacar y podrá disparar burbujas usando la barra de poder mágico. Podrás realizar unos 5 saltos sobre la superficie del agua, pero te hundirás después de esos 5 saltos si no alcanzas tierra firme. En tu forma de deku podrás sumergirte en unas flores especiales que te lanzarán hacia arriba y entonces podrás planear durante unos instantes.
Cuando uses la máscara de goron, una raza de gente de piedra, atacarás realizando potentes puñetazos. Podrás hacerte bola y machacar el suelo o moverte rodando. Si ruedas durante el suficiente tiempo te saldrán pinchos que destruirán todo lo que haya a su paso, pero gastarás tu barra de magia. En la forma de goron eres inmune a la lava, pero te hundirás en el agua.
La máscara de zora, una raza de gente pez, te permitirá bucear y nadar con rapidez, pudiendo andar por el fondo del agua para abrir cofres y pulsar interruptores de presión, teniendo la habilidad de activar un campo de fuerza protector a cambio de gastar la barra de magia. Puedes lanzar las aletas de los brazos como si fueran bumerangs manteniendo pulsado el botón de ataque.
Irás aprendiendo distintas canciones que podrás tocar con tu ocarina y que tendrán distintos efectos. Al tocar la ocarina hay cinco botones asignados cada uno a una nota. Tocando la canción del tiempo volverás al inicio del ciclo de tres días en el que se desarrolla el juego, perdiendo todos los objetos consumibles y tu dinero, pero conservando los objetos importantes y las máscaras. En la ciudad hay un banco donde podrás depositar dinero y la cantidad que tengas depositada en dicho banco no cambiará al volver en el tiempo. Podrás guardar la partida de forma definitiva cada vez que vuelvas en el tiempo, habiendo estatuas de buho por el mundo donde podrás realizar un guardado temporal que se borrará cuando cargues la partida. Si tocas la canción del tiempo al revés el paso del tiempo se ralentizará y si tocas dos veces la misma nota pasará medio día.
Hay disponibles múltiples misiones secundarias para recibir máscaras o un cuarto de contenedor de corazón, obteniendo una mejora de salud al reunir cuatro. Algunos personajes solo podrás encontrarlos a ciertas horas del día. Ciertas cosas solo podrás hacerlas en un día concreto a una hora determinada, como detener cierto robo y podrás ver la rutina de ciertos personajes, que se irán moviendo por la ciudad Reloj. Además de las máscaras de transformación hay muchas más que te otorgarán distintos efectos mientras las llevas puestas, aunque algunas solo sirven en una situación determinada para completar una misión.
En las mazmorras donde se encuentran los cuatro a los que debes encontrar habrá puertas cerradas que tendrás que usar una llave para abrirlas, un objeto que te permitirá acceder a una parte de la mazmorra a la que antes no podías, una llave que necesitas para abrir la sala del jefe de la mazmorra y un jefe al que tendrás que derrotar para liberar a uno de los cuatro. Cuando venzcas al jefe de la mazmorra, obtendrás una mejora de salud y se deshará un mal que afectaba a la región donde se encontraba dicha mazmorra. Habrá cosas que puedas hacer cuando el mal sea deshecho, pero la región volverá a su estado original en cuanto vuelvas atrás en el tiempo, pudiendo enfrentarte al jefe de nuevo mediante un portal en la entrada de la mazmorra.
Este juego dispone de textos en castellano.
Este juego ha sido probado usando el núcleo Mugen64 de Retroarch y funciona perfectamente.
Reparto
| Imagen del personaje | Personaje | Doblaje original |
|---|---|---|
 | Joven Link | Fujiko Takimoto |
 | Fiera Deidad | Nobuyuki Hiyama |
 | Skull Kid | Sachi Matsumoto |
 | Tingle | Takeharu Onishi |
