Mientras dormías escuchas la voz de la princesa Zelda, que te pide que vayas al castillo a rescatarla ya que el hechicero Agahnim ha tomado el control del reino de Hyrule y la ha encerrado en las mazmorras del castillo. Cuando rescatas a Zelda, ésta te pide que te hagas con la Espada Maestra, la espada destructora del mal, para poder vencer a Agahnim, pero antes deberás encontrar tres colgantes escondidos en lo más profundo de tres mazmorras repartidas por todo el reino para poder sacar la Espada Maestra de su pedestal.
Este juego de aventuras tiene una vista desde arriba y puedes moverte no solo en cuatro direcciones sino también en diagonal, lo que da bastante movilidad y es una mejora considerable en este aspecto con respecto al primer The Legend of Zelda, aunque solo podrás mirar y atacar en cuatro direcciones. Al pulsar el botón de la espada tu personaje ejecutará un tajo horizontar en la dirección hacia donde esté mirando. Si mantienes pulsado el botón tu personaje apuntará con la espada hacia donde esté mirando, atacando con ella a los enemigos con los que entres en contacto. También se cargará un ataque giratorio. Si sueltas el botón cuando el ataque esté completamente cargado, tu personaje atacará girando, causando daño a todos los enemigos cercanos que estén dentro del radio de tu espada, siendo este ataque más poderoso que un ataque normal con tu espada. Cuando obtengas las botas de Pegaso, podrás ejecutar una carga hacia delante manteniendo pulsado un botón con la que atacarás con la espada a todo enemigo que se te cruce por delante. Podrás levantar ciertos objetos como vasijas y piedras por encima de tu cabeza y lanzarlos para usarlos como arma arrojadiza.
Durante tu aventura irás encontrando objetos que podrás equiparte para asignar su uso a cierto botón. El arco gastará flechas, las bombas son limitadas y algunos objetos consumirán tu barra de magia con su uso, pudiendo encontrar flechas, bombas y frascos de magia al derrotar enemigos o debajo de vasijas y piedras. Podrás comprar y llevar contigo pociones rojas, que recuperarán toda tu salud, pociones verdes, que recuperarán toda tu magia, y pociones azules, que recuperarán tanto tu salud como tu magia. Para llevar contigo estas pociones necesitarás encontrar antes botellas vacías, que son objetos únicos y solo hay cuatro en el juego repartidos por todo el reino. El reino de Hyrule está lleno de lugares secretos y en algunos de ellos podrás encontrar un cuarto de contenedor de corazón. Cuando reunas cuatro de ellos obtendrás una mejora de salud.
El mapa del reino de Hyrule es detallado y cada zona está representada destacando sus carecterísticas y forma, por lo que resulta más fácil usarlo para orientarse que el rectángulo gris del primer The Legend of Zelda. En el mapa aparecen señaladas las mazmorras donde tendrás que ir para proseguir con tu aventura, pero en ciertas ocasiones tendrás que encontrar un objeto para llegar a ellas, por lo que tendrás que explorar el mundo para encontrarlos.
Dentro de las mazmorras habrá puertas cerradas. Algunas se abrirán con llaves que irás encontrando y que serán de un solo uso mientras que otras se abrirán cuando derrotes a todos los enemigos de la sala o activando mecanismos ocultos. Estos mecanismos ocultos pueden estar bajo vasijas, bajo baldosas levantadas que se activan al pisarlas o accionarse cuando mueves un bloque. En la mazmorra encontrarás un mapa, que te permitirá ver un plano con todas las habitaciones, una brújula, que te indicará la ubicación del jefe de la mazmorra, y una gran llave, que abre un tipo concreto de puerta y el cofre grande de la mazmorra, el cual tiene un objeto que necesitarás para acceder a ciertas partes de la mazmorra y para llegar a la siguiente mazmorra, aunque hay ciertos objetos que no son imprescindibles para avanzar, aunque muy útiles, como en el caso de las armaduras. Las mazmorras cuentan con varios pisos y en algunos pisos hay dos niveles diferenciados, pudiendo saltar desde el nivel superior al inferior desde los lugares donde no haya ningún tipo de barrera que te lo impida. En algunas ocasiones encontrarás agujeros en el suelo desde los cuales podrás saltar a una planta inferior de la mazmorra. Algunas paredes y suelos de la mazmorra se podrán volar con una bomba para abrir un camino pero, a diferencia con el primer The Legend of Zelda, los puntos donde poner una bomba logre eso están señalizados con grietas. El objetivo de la mazmorra es llegar hasta el jefe y vencerlo para obtener el objeto necesario para avanzar con el juego. Algunos jefes requerirán el uso del objeto encontrado en su mazmorra para vencerlo, pero no sucede con todos. Ciertos jefes requerirán el uso de objetos que consumen tu barra de magia, no pudiendo vencerlos si se te agota del todo y no tienes pociones para reponerla. Tras vencer al jefe recibirás una mejora de salud.
Tras conseguir la espada maestra, que no solo es más poderosa sino que tiene más alcance y lanza un rayo mágico al atacar cuando tienes la salud al máximo, y después de derrotar a Agahnim, viajas al mundo oscuro, una versión distorsionada del reino de Hyrule que fue creada porque Ganon deseó que el reino dorado donde se alojaba la Trifuerza, tesoro capaz de conceder cualquier deseo, tomara esa forma tras obtener dicho tesoro. Agahnim está intentando crear un portal para que Ganon acceda al reino de Hyrule y para ello ha secuestrado y encerrado en el mundo oscuro a 7 doncellas descendientes de quienes sellaron a Ganon en el mundo oscuro. Para poder acceder a la guarida de Ganon y enfrentarte a él para arrebatarle la Trifuerza e impedir que se libere tendrás primero que rescatar a las 7 doncellas que están encerradas cada una en una mazmorra repartidas por todo el mundo oscuro. Podrás viajar desde el mundo oscuro hacia el de la luz usando un espejo mágico que te dejará en el mismo punto del espacio al viajar entre mundos, pero no podrás usarlo para viajar desde el mundo de la luz hacia el oscuro. Para ello deberás encontrar en el mundo de la luz portales que te envíen al mundo oscuro. La geografía del mundo de la luz y el oscuro difieren en algunos puntos y deberás usar el viaje entre mundos para poder llegar a algunos puntos del mapa.
La versión de Super Nintendo de este juego cuenta con textos en inglés, pero su versión para Game Boy Advance cuenta con textos en castellanos.
Este juego ha sido probado usando el núcleo Snes9x de Retroarch y funciona perfectamente.
