Tras su batalla contra el general «Calavera», Blazkowicz quedó gravemente herido. Para poder continuar su lucha contra los nazis tiene que depender de una armadura de alta tecnología que le permite sostenerse en pie a pesar de su estado, pero Blazkowicz sabe que le queda poco de vida y le pesa no poder ver crecer al hijo que su mujer ahora lleva en su vientre. El próximo paso para la rebelión es ponerse en contacto con la resistencia de Estados Unidos. Estados Unidos se rindió tras ser bombardeada con bombas nucleares, estando algunos de sus habitantes muy contentos con el nuevo régimen, en especial el Klu Klux Klan, que controla bajo el domino nazi el sur del país.
Blazkowicz conocerá en la cima del Empire Estate en una Nueva York infestada de radiación a Grace, una mujer negra de carácter fuerte que lidera al grupo de resistencia que se refugiaba en lo alto del rascacielos. Blazkowicz conseguirá que ella y su grupo se unan a su causa de provocar una revolución en Estados Unidos y se dedicará a realizar misiones de sabotaje a las instalaciones militares nazis, siendo el hombre más buscado del régimen, a quienes los nazis temen y han apodado «Terror Billy», e incluso el régimen está en proceso de producción de una película en la que lo muestre como un monstruo despiadado.
A la jugabilidad de The New Order se añade que ahora se pueden usar dos armas distintas a la vez y que las armas pueden ser mejoradas. Para ello necesitarás encontrar los kits de mejora repartidos por el escenario y cada arma tendrá cuatro mejoras distintas que podrás desbloquear. Como Blazkowicz está malherido pero lo compensa llevando la armadura, sus puntos de salud máximos se han reducido a 50 pero sus puntos de armadura pueden alcanzar hasta 200.
Este juego dispone de textos y voces en español.
