Clank fue llevado por los zoni al Gran Reloj, el cual está situado en el centro del universo y fue construido como plan de contingencia para conservar el continuo espacio tiempo. Orvus, el encargado de manejar el Gran Reloj, había hecho una copia virtual de sí mismo y la había introducido en los bancos de memoria de Clank con la esperanza de que Clank, quien resulta ser su hijo, se encargara de sucederle. El doctor Nefarius estaba colaborando con los zoni, pero solo con el objetivo de hacerse con el control del gran reloj, así que los traiciona para hallar en la memoria de Clank la información sobre cómo acceder a la Cámara de Orvus, desde donde se controla el Gran Reloj. Sigurd, el robot de mantenimiento del Gran Reloj, libera a Clank y le ayuda a acceder al Orvus virtual de su banco de memoria para que le explique cómo mantener el Gran Reloj y arregle el desastre que ha causado el doctor Nefarius con su traición.
Mientras, Ratchet seguía la pista de Clank cuando le atacan las fuerzas del doctor Nefarius, quienes le habían confundido con el general Azimuth, otro lombax que se quedó atrás cuando el resto de la especie se marchó. Ratchet se uniría a Azimuth en su lucha contra el doctor Nefarius y descubriría que Azimuth era amigo de su padre. Azimuth quiere utilizar el Gran Reloj para cambiar el pasado y salvar a la especie lombax, pero, como Orvus le diría a Clank, el Gran Reloj no debe usarse como máquina del tiempo, ya que eso pondría en peligro al universo entero.
Imágenes tomadas de la versión de PS3 del juego emulada mediante RPCS3
Ahora las armas, al subir de nivel, recibirán aumentos de tres o cuatro estadísticas, entre las que se pueden encontrar su potencia, su capacidad de munición o su cadencia de disparo. Se ha eliminado la compra de mejoras y en su lugar se han añadido las armas constructo, un tipo de armas que podrás personalizar equipándoles modificaciones específicas de cada arma que podrás encontrar por los niveles y cambiarán su comportamiento. Cada arma constructo tiene tres componentes distintos que podrás cambiar por las modificaciones encontradas y éstas podrán hacer cosas como que el disparo se cargue si mantienes pulsado el botón, que las balas sean incendiarias o que las bombas que lanzas exploten por proximidad. Aunque muy pocas armas de tu arsenal serán armas constructo.
Se añade el artilugio de las botas propulsoras. Al equiparte con este artilugio podrás moverte por el suelo a gran velocidad y usar rampas para saltar. También tienen una función para hacer que desciendas lentamente que podrás usar aun si no las llevas equipadas, lo que resulta útil ya que la mayor parte del juego Ratchet estará separado de Clank. También se incluye un dispositivo que puede almacenar líquidos para luego lanzarlos. El agua servirá para enfriar superficies extremadamente calientes y para hacer crecer a un tipo de planta que podrás usar como trampolín. El polen distraerá a un enjambre de un tipo de animal pequeño muy peligroso para evitar que te ataque. Y el aceite servirá para engrasar palancas oxidadas para poder accionarlas.
En lugar de viajar a cada planeta seleccionándolo en un menú cuando entras en tu nave, tendrás que pilotar manualmente tu nave hasta el planeta al que quieras ir. El juego se divide en sectores entre los cual podrás viajar a través de un menú cuando pilotes tu nave y en cada sector hay una serie de planetas. Solo podrás pilotar tu nave en un plano horizontal y tendrás a tu disposición para enfrentarte a las naves enemigas un disparo rápido y unos misiles rastreadores y podrás realizar giros hacia la izquierda y la derecha para esquivar. Durante la aventura habrá momentos en los que habrá una sección de combate obligatoria que deberás superar antes de continuar. Tu nave se puede mejorar recolectando zonis. En los niveles principales habrá unos cuantos y en cada sector habrá una serie de planetas pequeños donde habrá un zoni. Recibirás una mejora cuando hayas adquirido un número determinado de zonis y algunas mejoras son necesarias para continuar con la aventura.
Intercaladas con la aventura de Ratchet estarán las secciones de Clank, donde deberá recorrer el Gran Reloj mientras aprende como llevar su cometido de encargado del Reloj e intenta arreglar el caos que ha ocasionado el doctor Nefarius. Clank podrá lanzar cronobombas para ralentizar aquello que esté en su radio de acción como plataformas, pero solo podrá tener una cronobomba activada a la vez. Podrá usar el Gran Cetro para defenderse golpeando enemigos y devolviéndoles los proyectiles. Habrá una serie de puzzles donde Clank deberá usar una serie de plataformas para grabar sus acciones para que las ejecute un doble y entonces coordinarse con el doble para pulsar interruptores y que, al final, el doble termine encima de un interruptor que abre una puerta. Estas secciones irán aumentando en su complejidad aumentando la cantidad de dobles que tendrás que coordinar para abrir la puerta. También en las secciones de Clank habrá que arreglar anomalías temporales mediante un minijuego. En éste iremos moviendo un globo terráqueo que representa el planeta donde hay anomalías y tendremos que destruir todas las anomalías con un láser antes de que se agote el tiempo.
Este juego dispone de voces y textos en castellano.
Compatibilidad con emuladores
| Emulador | Compatibilidad |
|---|---|
| RPCS3 | Jugable, pero algunos efectos no pueden ser mostrados correctamente y, en cambio, aparecen en su lugar unos rectángulos negros. |
