En este arco se muestra lo que realmente pasó en el genocidio de Ishval. La teneinte Hawkeye le contará a Edward su participación en el conflicto mientras que el doctor Marco, quien fue encontrado en su celda por Scar mientras recorría los túneles subterraneos, le desvelará al ishvalí su participación en los horribles experimentos que se realizaron usando a la población ishvalí para la creación de la piedra filosofal.
El objetivo del ejército en Ishval era el total exterminio de su población, lo que no solo incluía a los combatientes isvhalies que se enfrentaban al ejército de Amestris, sino a toda la población civil. Éste fue el primer conflicto en el que se usó a los alquimistas nacionales, quienes eran capaces de causar una destrucción masiva. El comandante Armstrong no pudo soportar participar en la matanza, por lo que se le retiró del frente por desobediencia. Mustang, quien se había unido al ejército con ideales sobre proteger a la gente y buscar un futuro próspero, acaba usando la alquimia para arrasar con vidas inocentes con sus llamas, un crimen de guerra con el que tendrá que cargar durante toda su vida. Hawkeye, quien había elegido seguir a Mustang debido a sus ideales, también tendrá que cargar con su participación en la masacre. Por otra parte, Kimbley, el alquimista carmesí, disfruta con la matanza de ishvalies, arrasando con todo a su paso causando explosiones, las cuales son potenciadas por la piedra filosofal que le fue entregada para que la probase.
Durante el conflicto, el hermano de Scar se dedicaba a estudiar la alquimia, llegando a sus manos tratados de la alquimia de Xing. En sus investigaciones se había dado cuenta de que había algo raro con la alquimia de Amestris y acaba confiándolas notas sobre sus investigaciones a Scar para que las proteja.
