Los hermanos Elric deben volver a su pueblo natal para que las mecánicas de Edward le implanten un brazo prostético nuevo para que pueda reparar la armadura de Alphonse. A causa de Scar el comandante Armstrong acompaña a los hermanos Elric como escolta. Armstrong resulta ser un hombre sensible que se conmueve fácilmente y, mientras pasaban en tren por un pequeño pueblo, el comandante reconoce al doctor Marco, un alquimista que participó en la guerra de Ishval, por lo que decide hacer una parada en el pueblo. El doctor Marco ejerce como el médico del pueblo usando un nombre falso, siendo muy querido en el pueblo por su labor, y, cuando los hermanos Elric y Armstrong le encuentran, el doctor Marco les responde apuntándoles con un arma, aterrado de que hayan venido a hacerle volver al ejército o matarlo.

El doctor Marco participó en la investigación sobre la creación de la piedra filosofal durante la guerra y se trajo una de las piedras, la cual utiliza para dar sus servicios médicos, pero se niega a darle la información sobre la investigación a los hermanos Elric, ya que se arrepiente de dicha investigación y la considera algo infernal. Al final el doctor Marco cambia de parecer y le dice a los hermanos Elric que escondió los documentos de la investigación en un ala de la biblioteca nacional y les insta a descubrir «la verdad detrás de la verdad».

En su pueblo natal, Riesenburg, los hermanos Elric son recibidos por Winry, su amiga de la infancia, y su abuela Pinako, quienes llevan un negocio de prótesis mecánicas y son las mecánicas de Edward. Winry perdió a su madre y a su padre en la guerra de Ishval, a la que fueron como médicos para ayudar a quien lo necesitase. Winry y Pinako consiguen construirle a Edward un brazo nuevo en tres días y mientras él visitaría la tumba de su madre y los restos de su casa, la cual los hermanos Elric quemaron cuando iniciaron su viaje para recuperar sus cuerpos con el propósito de no tener un lugar al que volver en caso de que quieran renunciar.

Cuando por fin los hermanos Elric llegan a la capital del país, se encuentran conque el ala donde estaban los documentos del doctor Marco fue completamente quemada. Por suerte conocen a una antigua bibliotecaria de ese ala, Sheska, la cual fue despedida por pasarse leyendo en horas de trabajo. Gracias a que tenía la capacidad de memorizar el contenido de todo libro que leyera, los hermanos Elric pueden obtener de ella una copia de los documentos del doctor Marco, aunque están en clave. A los hermanos Elric les cuesta descifrar el código pero, cuando finalmente lo logran, comprendieron la actitud del doctor Marco ante su investigación.

Tras este descubrimiento los hermanos Eric acaban llegando a la conclusión de que en un laboratorio de alquimia estatal clausurado que estaba cerca de una prisión parte del ejército podría estar realizando experimentos con seres humanos. El comandante Amstrong les ordena a los hermanos Elric que no hagan nada y esperen a que él investigue el caso, asignando la tarea de vigilar a los hermanos a la alférez María Ross y al sargento Denny Brosh, quienes ejercían de sus escoltas durante su estancia en la capital. Los hermanos Elric acaban burlando a sus escoltas y yendo al laboratorio a investigar, tropezándose allí con criminales cuyas almas fueron vinculadas a una armadura de forma similar a lo que hizo Edward con Alphonse, ejerciendo esos criminales de guardias de seguridad del laboratorio. Los hermanos tuvieron que separarse justo antes de encontrarse con los guardias y el que se enfrenta a Alphonse, el asesino en serie Barry el descuartizador, le empieza a sembrar dudas a Alphonse sobre su existencia, afirmando que su alma era algo artificial y que sus recuerdos fueron creados por su hermano mayor, haciendo que la idea empiece a reconcomerle a Alphonse.