Tras su primer juicio, donde consiguió que un amigo fuera declarado no culpable de asesinato, el abogado defensor novato Phoenix Wright encuentra a su jefa y mentora, Mia Fey, muerta en su oficina y, junto a ella, a su hermana menor, Maya, llorando. Maya es detenida, acusada por el asesinato de su hermana, y será Phoenix el que deberá defenderla en un juicio por asesinato y demostrar que es inocente. El fiscal encargado del caso es Miles Edgeworth, quien no ha perdido ni un solo caso desde que ejerce de fiscal y de quien hay rumores de que manipula las pruebas y pacta los testimonios, haciendo todo lo posible para ganar. Maya viene de una familia de mediums, así que, cuando peor están las cosas, puede canalizar el espíritu de su hermana muerta para que aconseje a Phoenix. Tras el juicio, Maya se convierte en la socia de Phoenix y le ayuda a regentar su bufete.
Este juego consta con dos tipos de fases. En la fase de investigación, deberás buscar pistas por la escena del crimen y hablar con las personas involucradas en el caso, presentándoles las pruebas para sacarles más información. En la fase de juicio, deberás encontrar contradicciones en los testimonios de las personas que declaran como testigos, pudiendo presionarles para que den más detalles sobre una parte de su declaración o presentar una prueba que contradiga la declaración. Exponiendo las contradicciones se irá revelando poco a poco la verdad sobre cómo ocurrió el asesinato y quién de verdad lo cometió.
La banda sonora está compuesta por Masakazu Sugimori.