Para conquistar el mundo, el doctor Wily ha tomado el control de los robots que ayudan a la humanidad que el doctor Light construyó. Rock, el robot ayudante del doctor Light, se ofrece para detener al doctor Wily y se convierte en Mega Man. Para llegar hasta Wily, primero habrá que derrotar a los seis robots avanzados que están atacando a la población. Cada uno está al final de su nivel y podrás elegir el orden en el que vas a jugar los niveles. Al derrotar a uno de estos robots obtendrás su arma y cada uno de ellos es débil al arma de otro, así que podrás derrotar fácilmente a uno de estos robots si has conseguido antes el arma a la que es débil.
El arma principal de Mega Man es el cañón de su brazo. Puedes disparar solo hacia los lados, pero puedes hacerlo mientras saltas para alcanzar a enemigos que estén posicionados a mayor altura que tu personaje. Podrás controlar el movimiento de tu personaje en el aire y la altura del salto, lo que no solo viene bien para poder acertar a tus enemigos y esquivar sus embestidas y sus múltiples proyectiles, sino también para todo el plataformeo preciso que te exige el juego. Tendrás plataformas pequeñas, plataformas pequeñas que aparecen y desaparecen siguiendo un patrón, robots que podrás usar como plataformas pero que te dispararan con los cañones que tienen a sus lados y plataformas móviles que volcarán en ciertos segmentos de su recorrido. Habrá por los niveles bastantes escaleras de mano que tendrás que subir. Desde estas escaleras podrás disparar pero no saltar, soltándose el personaje de la escalera si pulsas el botón de salto, y habrá enemigos que te atacarán mientras estás en la escalera. La mayoría de enemigos serán derrotados con un solo disparo, pero habrá ciertos robots con fuertes defensas que aguantarán bastantes disparos. Algunos se protegerán y solo serán vulnerables cuando aparten su protección para atacarte. Tu personaje tendrá una barra de vida que podría parecer larga a primera vista, pero los distintos enemigos causarán distinta cantidad de daño, llegando algunos a hacer descender bastante tu barra de salud con un solo ataque.
Las armas que consigas de los seis robots avanzados requerirán munición para usarlas. Algunos enemigos soltarán salud y munición al derrotarlos y también encontraras estos objetos repartidos por el nivel. Cambiarás de arma desde el menú de pausa y cada una de ellas tendrá una trayectoria de disparo y un efecto distinto. La arma de Elect Man disparará hacia delante y hacia arriba y abajo a la vez, el arma de Ice Man detendrá el movimiento de los enemigos y el arma de Guts Man no disparará sino que te permitirá agarrar y lanzar ciertos bloques. Además de las armas de los seis robots avanzados podrás conseguir el rayo magnético en la fase de Elect Man. El arma está a simple vista, pero necesitarás el arma de Guts Man para apartar los bloques que te obstaculizan el paso. Este arma te permite crear plataformas, lo que es necesario para el primer nivel del doctor Wily, ya que sin ella te encontrarás con un callejón sin salida en medio del nivel. Al derrotar a los seis robots avanzados podrás acceder a los niveles de Wily, que son cuatro puestos en sucesión y, al final de cada uno de ellos, te tendrás que enfrentar a un jefe.
