Mientras estaba en el centro comercial, Heather, hija de Harry Mason (protagonista del primer Silent Hill), se topa con un detective que la estaba buscando y que le pregunta si recuerda quién es en realidad. Heather se escabulle saliendo por la puerta del baño pero se encuentra que el centro comercial ha sido tomado por extraños monstruos. Se encuentra con una mujer, Claudia, que le dice que Heather tiene el poder de llevarles al paraíso y parece que la aparición de monstruos es cosa suya.
Heather es arrastrada a una versión del centro comercial pesadillesca y, cuando al final consigue salir de allí para dirigirse a su casa, se encuentra que el metro también está infestado de monstruos y que volver a su hogar va a ser toda una odisea.
Al llegar a casa, Heather es recibida por Claudia, quien le dice que le esperará en el pueblo de Silent Hill para realizar el ritual que les llevará al paraíso. Heather se dirigirá al pueblo maldito, pero para enfrentarse a Claudia.
En esta entrega la exploración de las calles de Silent Hill está relegada a una pequeña zona en las afueras que transitaremos en un par de ocasiones para dirigirnos directamente a nuestro próximo objetivo, centrándose este juego más en la exploración del interior de edificios, que es similar a las dos entregas anteriores, al igual que el combate. Se ha añadido la posibilidad de usar un cebo para atraer a los monstuos, un chaleco antibalas que ofrecerá protección a cambio de ralentizar la velocidad de movimiento y una pistola aturdidora que gastará munición, pero que hay que usarla cuerpo a cuerpo, aunque derribará a los enemigos.
Este juego cuenta con textos en castellano y voces en inglés.
Este juego se considera abandonware, por lo que podéis descargarlo en este enlace. Es recomendable instalar el parche Silent Hill 3 PC Fix de Steam006. Para hacerlo deberás copiar el contenido del archivo comprimido en la carpeta de instalación del juego. Para configurar las opciones del juego ahora deberás editar el archivo Silent_Hill_3_PC_Fix.ini de entre lo que has copiado usando el blog de notas. Para poner el juego en castellano busca en el archivo el lugar donde está el valor Language = número. El número cámbialo por 5 y guarda el archivo. El valor Language está justo debajo de una lista de idiomas con el número correspondiente.