Downwell es un rouguelike donde deberemos saltar a un pozo y llegar lo más profundo posible. El pozo estará lleno de enemigos y para acabar con ellos podremos disparar hacia abajo mientras estemos en el aire. También podremos caer sobre ellos, excepto sobre los que tengan un color más intenso, ya que recibiremos daño si lo hacemos.
El botón de saltar cuando estemos en el suelo y el de disparar en el aire es el mismo. Al disparar vaciaremos el cargador de nuestra arma, que se recargará cuando aterricemos en el suelo o aplastemos a un enemigo.
A los lados del pozo habrá cuevas donde podremos conseguir un modificador de arma que cambiará la forma de nuestros disparos y nos recuperará un punto de salud. También podremos encontrar una tienda que venderá objetos de recuperación de salud y de aumento del cargador a cambio de las gemas que sueltan los enemigos al derrotarlos o ciertos objetos al ser destruidos. Al final de cada fase podremos escoger entre tres mejoras aleatorias.