El tren en el que escapaban Gordon y Alyx descarrila y tienen que seguir a pie hasta la base donde les espera el doctor Eli. En esta travesía Alyx es atacada por la espalda y acaba gravemente malherida. Un vortigaunt acude en su ayuda y la lleva a un escondite de la resistencia en una mina llena de insectos gigantes para poder tratar sus heridas. Mientras tanto la Alianza está intentando abrir un portal para que el grueso de sus tropas llegue a la Tierra y aplaste a la resistencia de forma rotunda. Un destacamento de las tropas de la Alianza se dirigen a la base donde está el doctor Eli, así que Alyx y Gordon deberán llegar allí cuanto antes para avisar del ataque a la base y entregar los datos para usarlos para dar un buen golpe a la Alianza.
Imágenes tomadas de la versión de PC del juego
Estos episodios 1 y 2 fueron un intento de seguir con la historia de Half-Life 2 de forma episódica, pero solo se publicaron dos de estos episodios, dejando la historia inconclusa.
Este juego cuenta con voces y textos en castellano.
