Durante el asalto del ejército aliado al castillo que servía como base para el científico nazi Wilhelm «Calavera» Strasse, el capitán Blazkowicz sufre una herida grave en su cabeza que lo deja en un estado vegetativo. Acaba en un psiquiátrico polaco donde es cuidado por la enfermera Anya, cuya familia regenta el centro. Blazkowicz se queda en ese estado durante 14 años mientras los nazis ganan la guerra e instauran su dominio por el mundo y mientras «Calavera» usa el psiquiátrico como fuente de sujetos para sus brutales experimentos, no teniendo la familia de Anya más remedio que acceder a sus demandas. Un día, los nazis deciden destruir el psiquiátrico, matando al padre y a la madre de Anya en el proceso. Blazkowicz entonces sale de su estado y se enfrenta a los nazis para escapar y proteger a Anya. Ahora tendrá que escapar junto a ella mientras busca los restos de la resistencia para poder volver a enfrentarse al régimen nazi, pero no será sencillo en un mundo donde la Alemania nazi ganó la guerra y doblegó a sus enemigos.
Imágenes tomadas de la versión de PC del juego
Blazkowicz tendrá a su disposición un gran arsenal, ya que podrá llevar encima todas las armas con las que se encuentre. Este juego usa un sistema de salud que se regenera usando botiquines y que usa puntos de blindaje, pero una pequeña porción de salud se regenerará cuando no estés recibiendo disparos. También hay una mecánica de sobrecarga de salud, que te permitirá aumentar tus puntos de salud más allá del cien por cien, pero tu salud irá bajando gradualmente hasta alcanzar los cien puntos. Cada arma tendrá dos modos de disparos, siendo en la mayoría de armas dos tipos de munición. Podrás usar a la vez dos unidades de la misma arma siempre que hayas encontrado una segunda unidad. Esto se aplica a armas grandes como fusiles de asalto, escopetas automáticas y hasta a los lanzagranadas incorporados en los fusiles de asalto. Cuando solo empuñes un arma podrás apuntar con su mira, lo que te permitirá tener más precisión, pero cuando empuñes dos intercambiarás esta función por más potencia de fuego y el botón que antes servía para apuntar ahora acciona el gatillo de tu segunda arma.
Manteniendo pulsado un botón los controles de dirección, en lugar de mover a tu personaje, harán que se asome en la dirección seleccionada, lo cual está pensado para asomarse por una cobertura. Podrás asomarte por arriba, por los lados y, si tu personaje está agachado, éste se tumbará cuando presione abajo para poder asomarse por un hueco que esté cercano al suelo. El botón de apuntar también hará que te asomes si tu personaje está agachado tras una cobertura baja.
El juego tiene un sistema de mejoras de las habilidades de combate de tu personaje. La forma de conseguir estas mejoras es cumplir con los objetivos que podrás consultar en el menú, que suelen ser hazañas realizadas durante el combate.
Este juego cuenta con textos y voces en español.