El agente Blazkowicz ha sido capturado y encerrado en el castillo Wolfenstein mientras investigaba las actividades de la división paranormal del régimen nazi. Su misión ahora será escapar del castillo y luego tendrá que investigar una cripta en un pueblo cercano que resulta estar llena de no muertos, descubriendo que el objetivo de la división paranormal es resucitar a un antiguo príncipe para que les ayude a ganar la guerra. Blazkowicz también participará en varias operaciones de sabotaje a instalaciones militares nazis, lo que hará que se tope con los experimentos del científico nazi apodado «Calavera» para crear supersoldados.
Este juego está estructurado en misiones y cada misión tendrá de 3 a 4 niveles. Cada nivel tendrá una serie de objetivos que deberás cumplir. Si llegas al final de un nivel y te falta un objetivo por cumplir, no podrás finalizar el nivel y tendrás que volver para terminar con tu objetivo. Los niveles tienen lugares ocultos con suministros, así que deberás prestar atención para encontrarlos, ya que necesitarás todos los recursos que puedas encontrar.
Imágenes tomadas de la versión de PC del juego.
En este juego de disparos en primera persona podrás llevar todas las armas con las que te encuentres y tu arsenal estará formado por las típicas armas de la segunda guerra mundial a excepción de un arma de rayos experimental desarrollada por «Calavera» que podrás quitarle a uno de sus supersoldados. Las únicas armas con las que podrás apuntar más de cerca son las que tienen miras telescópicas y no podrás moverte mientras las utilizas. Deberás tener en cuenta el alcance de tus armas, ya que algunas armas no podrán alcanzar a enemigos lejanos por mucho que lo intentes. Esto también funciona con las armas de los enemigos, por lo que una estrategia viable es disparar a enemigos que porten armas de corto alcance desde lejos usando armas de mayor alcance mientras las balas del enemigo se dispersan a tu alrededor. Podrás actuar sigilosamente si los enemigos no te han visto y matarlos silenciosamente con tu cuchillo o disparándoles con una pistola o subfusil con silenciador, pero el subfusil con silenciador se recalentará si lo usas demasiado y no te dejará disparar. Si un enemigo te avista podrá activar la alarma, pero tu también podrás destruir los interruptores de las alarmas con las que te encuentres. Podrás inclinarte hacia la derecha o la izquierda para asomarte por las esquinas, pero no podrás disparar en esta posición, aunque si lanzar granadas.
Este juego dispone de textos y voces en castellano.