Junpei despierta en el camarote de un barco al que le está entrando agua y, para abrir la puerta del camarote y evitar morir ahogado, se verá obligado a resolver una serie de puzzles que estaban preparados en la habitación, como si de una escape room se tratara. Junpei solo recuerda que, la noche anterior, al volver a casa, una persona con una máscara de gas lo dejó inconsciente con gas y ahora se ha despertado en esta situación. No es el único, ya que se encontrará con otras 8 personas que han sufrido lo mismo. Una vez reunidas las 9 víctimas, Zero, la persona que está detrás de todo ésto, se pone a explicar por megafonía que su objetivo es forzar a las 9 personas a jugar a un juego, el juego nonario. Éste consiste en buscar la puerta con un número 9, la cual conduce a la salida, antes de que el barco se hunda dentro de 9 horas. Para ello tendrán que recorrer el barco y resolviendo los puzzles que se encuentren en las distintas habitaciones para avanzar.
Cada participante tiene un brazalete que no se puede quitar, ya que la única forma de hacerlo es muriendo o escapando del barco. Estos brazaletes tienen cada uno un número distinto del 1 al 9 y sirven tanto para abrir una serie de puertas numeradas como para actuar de detonadores de las bombas que Zero les hizo ingerir y que explotarán para matar a quien desobedezca las normas. Por las puertas numeradas solo pueden pasar un grupo de entre 3 y 5 personas y la raíz digital de los números de los brazaletes de las personas que vayan a entrar debe coincidir con el número de la puerta, siendo la raíz digital de un conjunto de números el resultado de sumar dichos números y, de tener el resultado varias cifras, sumarlas entre sí hasta obtener un número de una sola cifra. Habrá varios momentos en el que el grupo tendrá que separarse para entrar en distintas puertas y el juego te dará la opción de en que puerta entrar, teniendo cada puerta no solo una sala con puzzles distinta, sino que durante la resolución de los puzzles de esa sala Junpei interactuará con un grupo distinto de personajes.
Entre las 9 personas allí reunidas se encuentra Akane, amiga de la infancia de Junpei a la que hace años que no ve y es improbable que su encuentro sea casualidad, habiendo una gran posibilidad de que las nueve personas a las que Zero ha secuestrado para el juego nonario no hayan sido escogidas al azar, sino que compartan una conexión que pueda ser una pista sobre la identidad de Zero. Una de las nueve personas parece estar familiarizada con el juego nonario y entra en pánico, obligando por la fuerza al resto a abrir una de las puertas, pero, al pasar por una de las puertas él solo, incumple las reglas del juego y la bomba en su interior explota, sirviendo de advertencia para el resto.
En las partes de las escape room el objetivo es encontrar la llave que abre la puerta de salida. En la sala encontraremos diversos objetos que tendrán que ser usados en lugares concretos para avanzar en la resolución de la escape room, teniendo que combinar algunos objetos desde el inventario. Es común tener que introducir códigos para abrir puertas y contenedores, teniendo que buscar pistas en la sala para deducir el código. Además se presentarán otro tipo de puzzles en las escape room a modo de minijuegos, habiendo unos cuantos de matemáticas donde es común el uso del concepto de raíz digital y en algunos se usará la base hexadecimal, algo muy usado en informática.
Durante la resolución de las escape rooms varias veces ciertos personajes sacarán el tema de la teoría de los campo morfogenéticos, teoría que afirma que es posible que una persona acceda a lo que llama campo morfogenético para acceder a información que otras personas han descubierto, siendo este campo algo que conecta de forma invisible las mentes de las personas e incluso puede ser que el campo morfogenético sea la verdadera ubicación de la conciencia y el cerebro solo sea un terminal inalámbrico. Akane llega a contarle a Junpei sobre un autor que describió en una novela los detalles del hundimiento del Titanic años antes de que ocurriera para luego morir en dicho hundimiento, por lo que Akane defiende que este autor pudo acceder mediante el campo morfogenético a su experiencia en el futuro con el hundimiento para escribirla años antes de que ocurriera.
Este juego tiene varias rutas dependiendo de las decisiones que tomes, siendo las más comunes las puertas numeradas a las que decides entrar. En un menú puedes ver la estructura de las rutas y puedes saltar a un punto de la historia que ya hayas visto. Algunas rutas convergen en cierto punto, cuando los personajes se reúnen tras separarse en varios grupos para resolver las escape rooms, y hay un total de seis finales, siendo tres de ellos malos en los que Junpei muere. Dos de los finales buenos se desbloquean al seguir unas rutas concretas y elegir ciertas opciones de diálogo. Antes de estos finales habrá una bifurcación en las rutas y, si no se cumplen los requisitos del final bueno, la historia se encaminará hacia el final malo, pero ésto hará que en el menú que muestra las rutas se señalice con iconos en forma de llave donde están los requisitos para desbloquear el camino al final bueno y si se han cumplido o no. Uno de los finales buenos deja la historia inconclusa porque se necesita conseguir otro final bueno para que la historia avance, sirviendo de llave para conseguir la última parte de la historia donde se revelan todos los misterios y se consigue el final verdadero.
Este juego dispone de textos en inglés. La versión disponible en la colección Zero Escape: The Nonary Games añade doblaje en inglés y japonés. Hay disponible un parche en español para la versión de Nintendo DS.
