La bruja Gruntilda ha secuestrado a Tooty, la hermana menor del oso Banjo, para robarle su belleza. Banjo deberá adentrarse a la guarida de Gruntilda con la ayuda de su amiga Kazooie, que es un pájaro que Banjo cargará en su mochila, con tal de rescatar a Tooty y acabar con Gruntilda. En la guarida de Gruntilda habrá una serie de niveles que se abrirán encontrando el puzzle correspondiente a ese nivel y colocando las piezas que faltan. Estas piezas de puzzle son el coleccionable principal de este juego, habiendo 10 en cada nivel, incluida la guarida de Gruntilda, que hace de nexo entre niveles, teniendo que pulsar un botón escondido en cada nivel para que se revele una pieza de puzzle en la guarida de Gruntilda.
Además de las piezas de puzzle hay 100 notas musicales en cada nivel. Necesitarás tener un número determinado de notas para abrir ciertas puertas en la guarida de Gruntilda y, cada vez que pierdas una vida o salgas del nivel, deberás volver a recolectar las notas desde cero hasta superar tu record anterior para que las notas que consigas después de ese punto se sumen al total de notas que tienes. En cada nivel hay cinco jinjos que Gruntilda ha secuestrado y conseguir liberar a los cincos te otorgará una pieza de puzzle.
Los movimientos básicos con los que empiezan Banjo y Kazooie el juego son estos: cuando Banjo salte podrás pulsar otra vez el botón de salto para que Kazooie bata sus alas desde la mochila y se ejecute una especie de doble salto, pudiendo descender lentamente durante unos instantes antes de que se empiecen a caer en picado; al darle al botón de ataque estando Banjo quieto y en el suelo éste empezará a lanzar una serie de puñetazos, al pulsarlo mientras Banjo corre éste dará una voltereta hacia delante como medio de ataque, pero no podrá girar mientras lo hace, y, al pulsarlo mientras Banjo está en el aire, Kazooie saldrá de la mochila y lanzará una serie de picotazos; Banjo puede agacharse, pero no puede moverse mientras se agacha, pudiendo saltar más alto desde esta posición; si se pulsa el botón de ataque en posición de agachado, Kazooie saldrá de la mochila y lanzará un ataque con su pico hacia delante, y Banjo puede trepar por árboles y postes. Además de estos movimientos en los niveles podrás encontrar a Bottles el topo para que te enseñe movimientos nuevos. El mismo Bottles te dirá al entrar a un nivel cuantos movimientos nuevos hay en él para aprender y deberás encontrar las distintas toperas repartidas en el nivel para aprenderlos. En el primer nivel aprenderás a lanzar huevos mientras te agachas, necesario para activar mecanismos y romper ciertos objetos; a golpear el suelo desde el aire, necesario para activar botones y romper ciertos objetos, y a hacer que Kazooie cargue con Banjo, pudiendo así subir por cuestas empinadas. En el siguiente nivel aprenderás a usar la baldosa de salto alto y la de vuelo, que te permitirá volar al activarla y podrás volar más alto gastando plumas rojas que irás encontrando por los niveles, pudiendo llevar un máximo de 50. Si vas accediendo por orden a los niveles y aprendiendo sus habilidades solo habrá una ocasión en la que necesitarás una habilidad de un nivel posterior y solo será para obtener una pieza de puzzle, pudiendo recolectar todas las notas del nivel.
En algunos niveles encontrarás la casa de Mumbo el chamán. A cambio de cierto número de tokens que podrás encontrar por los niveles Mumbo transformará a Banjo en otra criatura que tendrá habilidades especiales, como poder trepar por superficies muy inclinadas o poder meterse por pequeños huecos. Estas transformaciones son necesarias para acceder a ciertas partes de un nivel y podrás salir del nivel con Banjo transformado. En la guarida de Gruntilda habrá zonas a las que solo podrás acceder usando una transformación, pero la magia de Mumbo se debilitará si te alejas mucho de la entrada del nivel donde Banjo fue transformado, haciendo que la transformación se deshaga.
Atravesar la guarida de Gruntilda dista de ser fácil, ya que no solo necesitarás las suficientes notas para abrir puertas, sino que deberás ir encontrando interruptores para poder abrir caminos mientras te enfrentas a los secuaces de Gruntilda, necesitando ciertas habilidades para poder avanzar en la guarida o acceder a ciertos niveles. En la guarida de Gruntilda te irás encontrando con Brentilda, la hermana buena de Gruntilda, que te contará tres secretos de Gruntilda cada vez que la encuentres. Estos secretos serán útiles cuando Gruntilda te rete a un concurso de preguntas cuando la encuentres, justo antes de la batalla final, porque algunas de esas preguntas serán sobre Gruntilda. Y durante toda tu aventura Gruntilda no parará de hacer comentarios y burlas sobre lo que hacen Banjo y Kazooie, siempre hablando en rima.
Este juego cuenta con textos en inglés, habiendo una traducción al español hecha por fans.
Este juego ha sido probado usando el núcleo Muplen64Plus-Next de Retroarch y funciona perfectamente.
