Jun es un noble de East Ocean que ha viajado hasta el sistema planetrio Thousand Peaks acompañado por su guardián Kay con tal de hacerse con los derechos mineros de un buen puñado de cuevas de lumen para ofrecerselas a su clan. El lumen es una valiosa fuente de energía por la que hace años había una devastadora guerra en Thousand Peaks, pero ahora la asociación de lumen se encarga de regular los derechos de las cuevas y adjudicárselos a quienes encuentren cuevas inexploradas. La razón por la que Jun quiere conseguir las cuevas es para recuperar el honor de su clan, ya que unas palabras suyas ofendieron al emperador de East Ocean y las usó como excusa para quitarle a su clan todas sus cuevas, acabando Jun exiliado.
La información que Jun había comprado sobre una cueva de lumen le resultaba insuficiente porque no contaba con la ayuda de una bruja, nombre que reciben las adeptas de una orden religiosa que son sensibles al lumen. La razón por la que Jun no usaba a una bruja era porque, en la guerra, eran usadas por United Mining, bando enemigo de East Ocean, como radares humanos para detectar naves enemigas mediante su sensibilidad al lumen que usan las naves, lo que ocasionó un gran daño en el bando de East Ocean y que las brujas terminasen consideradas armas humanas. Cuando Jun y Kay estaban quejándose al vendedor de que la información les era inútil, aparece Eda, una joven bruja, acompañada por su piloto Remi, quienes compran la información. Jun entonces acude a la asociación de lumen, donde le dan las coordenadas de la cueva de lumen sobre la que trataba la información que compró y le advierten que de que la información podría ser falsa y resultar una trampa ideada por piratas. El sentido del honor de Jun le hace intentar alcanzar a Eda para avisarle de la posible trampa, pero llega tarde y Eda ya ha entrado en la base de la banda pirata.
Cuando Jun y Kay se infiltran en la base y encuentra a Eda, ella estaba negociando con el líder de la banda pirata para intentar que no la capturen a cambio de usar sus habilidades de bruja, pero la intervención de Jun hace que los piratas ataquen al pensar que era una trampa. Kay acaba herido en el enfrentamiento y él, Jun y Eda son encerrados en una celda. Jun tendrá que colaborar con Eda para escapar, pero tendrá que sacrificar su nave para usarla como señuelo y abordar la nave de Eda. Una vez en la nave de Eda deberán buscar tratamiento para las heridas de Kay.
El motivo por el que Eda se dedica a buscar cuevas de lumen es porque está intentando reunirse con su maestra, quien se enbarcó en una misión en busca de cierta cueva de lumen y lleva años desaparecida, siendo incapaz Eda de pasar página, lo que la hace embarcarse en una búsqueda muy peligrosa. Eda tiene dañada la garganta y usa un aparato enganchado a su cuello para poder hablar y cantar. Las brujas detectan las cuevas de lumen encontrando la canción estelar que emiten y luego usan dicha canción para activar los dispositivos que hay en las ruinas de una antigua civilización que suelen estar construidas en las cuevas. Jun acabaría trabajando como explorador para Eda, grabando las canciones estelares que Eda detecta y usando dichas grabaciones para abrirse paso por las ruinas. A Remi, la piloto y una habilidosa hacker, no le haría gracia que Jun se una a la tripulación, ya que lo detesta. Esta historia está siendo contada por un Jun anciano y melancólico en una última expedición, ya convertido en un respetado líder de su clan. Añora mucho a Eda y se pone a rememorar sus aventuras junto a ella.
Podrás usar tu nave para viajar a distintas ubicaciones del sistema seleccionando tu destino en la pantalla de navegación. Para ir a un sitio donde no hayas estado deberás analizar la señal que proviene de allí, necesitando estar en un lugar que esté lo suficientemente cerca. Durante los viajes podrás encontrarte con naves hostiles, teniendo la opción de usar un modificador de señal para hacer pasar tu nave por una de otro tipo y evitar el ataque, lo que tendrá una probabilidad de fracasar y recibir un ataque. La otra opción es intentar escapar y resistir el ataque. Tu nave perderá placas de armadura al ser atacada y se acabará la partida si las pierdes todas. Podrás comprar combustible y placas de armadura en ciertos asentamientos, además de kits de exploración que te permitirán recoger objetos de emplazamientos abandonados, como combustibles y materiales. Tu principal fuente de ingresos es la venta de ciertos objetos que te irás encontrando. Podrás mejorar tu nave usando materiales. Entre estas mejoras están las de aumentar la cantidad máxima de combustible, placas de armadura y kits de exploración que puede llevar tu nave, la mejora del modificador de señal, que aumentará la posibilidades de tener éxito al engañar a naves hostiles para que no ataquen, y la mejora del invernadero, que aumentará la cantida de dinero que te den al vender las plantas que encuentres en las cuevas de lumen.
Para encontrar una cueva de lumen primero debes seleccionar las coordenadas que hayas recibido en la pantalla de navegación para que se muestre en el mapa un círculo indicando el área donde está dicha cueva. Deberás ir primero a una ubicación en ese área y, una vez allí, utilizar el reso-escáner para que Eda detecte la canción estelar de la cueva, con lo que también detectará su ubicación exacta. La canción estelar será grabada para que Jun pueda usarla y ahora le toca a él explorar la cueva y llegar a su parte más profunda.
Cuando estés explorando una cueva controlarás directamente a Jun. Deberás usar la canción estelar grabada por Eda para abrir las puertas de la cueva. Para hacerlo deberás ajustar la frecuencia y volumen de la canción para que la representación gráfica de ésta coincida con las líneas inscritas en la puerta. Hay otros dispositivos dentro de la cueva que se activan con canciones estelares y algunas veces deberás abrir las válvulas de lumen para que ciertos dispositivos reciban alimentación. Es posible que en ciertas cuevas la canción estelar que grabó Eda sea insuficiente y deberás encontrar otra canción dentro de la cueva y grabarla.
Este juego dispone de textos en inglés y voces en chino mandarín y japonés.
