Mientras Raiden estaba reunido con el primer ministro de un país africano debido a un contrato para entrenar al ejército del país, son atacados por cíborgs de Desperado, una compañía militar privada que busca que sigan los conflictos bélicos con tal de poder seguir beneficiándose de la economía de guerra. Desperado consigue matar al ministro y ahora Raiden deberá viajar por el mundo siguiéndole el rastro a la compañía militar para poder detener sus planes.
Raiden acabará encontrando en México unas instalaciones que se dedica a secuestrar niños de la calle para sacarles los órganos, convertirlos en ciborgs y entrenarlos como soldados para Desperado. Raiden también averiguará que tras Desperado está el senador de los Estados Unidos Steven Amstrong. Raiden dice que su espada es una herramienta de justicia para proteger a quienes son más débiles, aún si tiene que acabar con numerosas vidas de forma extremadamente violenta para hacerlo.
Raiden usará una espada como arma principal y para usarla podrás pulsar dos botones, uno de ataque suave y otro de ataque fuerte. Ejecutando combinaciones de estos dos botones podrás ejecutar distintos combos. Podrás ver estas combinaciones en el menú de pausa. Mientras esprintas podrás saltar obstáculos automáticamente, atacar en movimiento y parar balas con tu espada. Si usas el ataque fuerte mientras esprintas te deslizarás por el suelo, lo que también viene bien para esquivar ciertos ataques. Podrás bloquear ataques con tu espada si pulsas el botón de ataque suave mientras inclinas el joystick izquierdo hacia el atacante. Si bloqueas en el momento justo del ataque ejecutarás un contraataque.
Manteniendo pulsado el botón correspondiente podrás controlar la dirección de los tajos de tu espada con el joystick derecho, pero no podrás moverte. Si tienes al menos una barra de energía el tiempo se ralentizará mientras se consume energía. Esta energía se obtiene al atacar al enemigo. A los enemigos débiles podrás cortarlos por la mitad mientras el tiempo está ralentizado para arrancarles la médula espinal para restablecer toda tu salud y energía. A los enemigos fuertes deberás debilitarlos antes de poder hacer eso. Cuando su tronco esté señalizado en azul podrás hacerlo. También podrás cortar sus extremidades cuando estén señalizadas en azul.
Además de tu espada podrás usar como armas secundarias una serie de granadas y lanzagranadas. También podrás usar una caja para esconderte de los enemigos. Si te acercas a un enemigo por la espalda sin ser detectado podrás matarlo de un golpe. Puedes almacenar hasta cinco objetos curativos. Si te los equipas se usarán automáticamente en cuanto pierdas toda la salud.
Al terminar cada misión podrás canjear los puntos que has obtenido por tu rendimiento en combate por mejoras de tu arma y salud y energía máximas y nuevos movimientos.
Este juego dispone de textos en castellano y voces en inglés.
