Space Harrier es un shooter sobre raíles con una perspectiva pseudo-3D. Podremos mover a nuestro personaje horizontal y verticalmente mientras éste se mueve hacia delante de forma automática. Deberemos esquivar obstáculos y proyectiles mientras disparamos a los enemigos.
Tendremos 3 vidas y cada vez que nos golpee algo perderemos una. Cuando nos quedemos sin vidas tendremos que empezar de nuevo. Al final de cada fase hay un jefe al que tendremos que derrotar para avanzar a la siguiente.