Mitsuha es una adolescente que vive en un pueblo rural de Japón. Un día la gente de su entorno le comenta que el día anterior se estaba comportando de una manera extraña, como si hubiera olvidado quién era. Mitsuha se despierta una mañana en el cuerpo de Taki, un adolescente que vive en Tokio. Es en ese entonces que descubre que ha estado intercambiándose el cuerpo con él.
Mitsuha y Taki van dejando mensajes por escrito para comunicarse entre sí. Intentan establecer unas normas de comportamiento para cuando tengan los cuerpos intercambiados, lo que ocurre varios días por semana, pero acaban involucrándose en la vida de la otra persona.
Un día, Taki deja de intercambiarse con Mitsuha y decide ir a buscarla, con la única ayuda de un dibujo qu el mismo realizó basado en el paisaje del pueblo que vio mientras se intercambiaba con Mitsuha.
