El juego empieza con Raz, junto a un grupo de psiconautas, infiltrados dentro de la mente del doctor Loboto, quien había secuestrado al cabecilla de la organización de los psiconautas. El objetivo de la infiltración es descubrir quién había contratado al doctor Loboto para secuestrar al cabecilla, pero sus esfuerzos resultan infructuosos, aunque consiguen pistas que indican que hay un topo dentro de la organización de los psiconautas.

Cuando Raz llega al edificio de la organización de los psiconautas, la segunda al mando lo nombra becario. Ahora Raz tendrá que investigar la organización en busca del topo. El objetivo del topo es revivir a Malígula, una poderosa y malvada psíquica que destrozó la mente de Ford Culler, el más poderoso de los psiconautas, cuando éste combatió con ella. En más de una ocasión, Raz deberá sumergirse en la mente de ciertas personas para ayudarles con sus problemas internos y éstas puedan ayudar a Raz a cambio en su investigación.

A la selección de habilidades acrobáticas de Raz del primer juego se le añade el poder saltar de pared en pared. Raz empezará con el poder de golpear cuerpo a cuerpo con una mano psíquica; con la telequinesis, que le permite lanzar objetos; la piroquinesis, que le permite prender en llamas objetos que tiene en un área frente a él; la explosión PSI, que le permite lanzar rayos psíquicos; la levitación, que le permite subirse en un globo de pensamiento para moverse más rápido y para evitar el contacto con superficies que le puedan hacer daño, además de poder usarla para flotar en el aire un breve periodo de tiempo, y la clarividencia, que le permite ver a través de los ojos de los demás. Según avance la historia Raz irá aprendiendo tres poderes psíquicos nuevos. Hay disponibles cuatro botones a los que podremos asignar los poderes psíquicos.

Consiguiendo ciertos coleccionables se podrá ir aumentando el rango de psiconauta de Raz. Cada vez que lo aumentemos obtendremos puntos de habilidad que podremos gastar para mejorar los poderes psíquicos de Raz. Dentro de las mentes también encontraremos mitades de cerebro. Cada vez que consigamos dos aumentará la barra de salud. Y, además, hay unas cajas fuertes dentro de las mentes que guardan recuerdos de la persona dueña de esa mente en forma de diapositivas.

En la tienda podremos comprar pines. Podremos equiparnos tres y cada pin tiene un efecto distinto.

El juego está escrito por Tim Schafer, la directora de arte es Lisette Titre-Montgomery y el diseñador de personajes es Scott Campbell. El artista de personajes jefe es David Russell y el arte de personajes también fue realizado por Zahra Amirabadi y Jared Mills. El arte conceptual fue obra de Derek Brand, Peter Chan, Samantha Iturralde, Emily Johnstone, Lee Petty, Gianna Ruggiero, Levi Ryken y Nathan Stapley. La banda sonora está compuesta por Peter McConnell.

Este juego dispone de voces en inglés y textos en castellano.