Mei, una niña de cinco años, y su hermana mayor Satsuki se mudan junto con su padre a una casa situada en el campo mientras esperan que su madre, que está ingresada en el hospital, se recupere. La casa está infestada por duendes del polvo, unas criaturas sobrenaturales que habitan en los sitios oscuros de casa abandonadas, pero son espantados cuando las niñas y su padre se asientan en la casa.
Mientras Mei estaba jugando en el jardín, ésta avista a un par de pequeñas criaturas, que huyen al notar que han sido vistas. Mei las sigue hasta un agujero situado debajo de un gigantesco árbol. Allí encontrará a una gran criatura durmiendo, quien es el rey del bosque. Mei lo llamará Totoro. Cuando Mei intenta regresar al lugar donde dormía Totoro para enseñarselo a su hermana y a su padre, la entrada ha desaparecido. Pero Mei y Satsuki se toparán de nuevo con Totoro.
