Entre su colección de cartas de Digimon, Takato encuentra una extraña carta azul que nunca había visto. Al pasarla por el lector de tarjetas, éste se transforma en un digidispositivo. Al pasar por el digidispositivo un dibujo de Guilmon, un digimon que Takato había inventado, éste se vuelve real y aparece en un punto de la ciudad. Guilmon es como un recién nacido y Takato deberá enseñarle como funciona el mundo mientras lo intenta ocultar.
Mientras jugaba al nuevo juego de Digimon, Henry se dio cuenta de que los digimons tenían consciencia de sí mismos y que sentían dolor al combatir. Al pasar una misteriosa tarjeta azul por su lector de cartas, Terriermon, el digimon que estaba usando en el juego, se materializa en el mundo real. Desde ese entonces, Henry es reacio a combatir.
Rika había ganado en varios torneos de cartas Digimon y había conseguido que la llamaran la reina Digimon. A ella acuden numerosos digimons solicitando ser su compañero para que Rika los haga más fuertes. La elegida fue Renamon. Rika está obsesionada con combatir y que Renamon absorba los datos de los otros digimons a los que mata, ya que cree que el único propósito de los digimons es matarse entre sí para hacerse más fuertes.
Los digimons son formas de vida artificiales que han ganado consciencia de sí mismos y han evolucionado sin la intervención de los seres humanos. Son capaces de materializarse en el mundo real desde el mundo digital sintetizando proteínas. Una organización secreta del gobierno se encarga de monitorizar sus apariciones en el mundo real y de desarrollar medidas para impedirlas. El encargado de esta organización, Yamaki, se niega a ver a los digimons como seres vivos y está obsesionado con acabar con ellos.
Un grupo de digimons que se hacen llamar devas atacarán el mundo real con la intención de liberarse de sus creadores humanos. Dicen servir al soberano de los digimons y están basados en el horóscopo chino. Takato, Henry y Rika deberán combatirlos para proteger el mundo real.
En el último arco agumental, el antagonista final será el D-Reaper, un programa que en su origen era sencillo y se dedicaba a limitar la evolución de los digimons, borrando todo aquello que sobrepasara el límite. El D-Reaper evolucionó por sí mismo como los digimons y se ha materializado en el mundo real en forma de una gran masa amorfa que ha engullido parte de Tokio. Ha llegado a la conclusión de que los seres humanos han evolucionado demasiado y se ha propuesto eliminarlos.
Participación de autoras
Aki Maita, la inventora del Tamagochi, el origen de Digimon, es una de las tres personas que dirigen toda la franquicia.
