Tras pasar una década internada en un psiquiátrico por haber quedado catatónica tras el incendio de su casa en Oxford en 1863 en el que murió su familia, Alice es acogida por el doctor Bumby en su Hogar de Houndsditch y Refugio para Jóvenes Rebeldes. Alice cree ser la protagonista del cuento y usa el país de las maravillas para refugiarse. El doctor Bumby intenta hacer que Alice se olvide del incendio. Mientras, un misterioso tren está arrasando el país de las maravillas.
Alice deberá recorrer un país de las maravillas retorcido y oscuro, intentando salvarlo de la ruina que lo está invadiendo. Deberá averiguar quién es el responsable detrás del misterioso tren que está destruyendo su país de las maravillas y detener su avance.
En este plataformas 3D con un sistema de combate Hack and Slash. Alice tendrá que luchar contra monstruos formados por la ruina que está asolando el país de las maravillas, chatarra y cabezas y extremidades de muñecas, además de otras criaturas hostiles. Para ello tendrá a su disposición la espada vorpal, rápida y penetrante; un caballito de juguete que hace de mazo, lento pero contundente; un molinillo de pimienta con disparo rápido, y una tetera que lanza granadas de té.
En los niveles habrá escondidos recuerdos de Alice como objetos coleccionables que se podrán recoger. Estos constan de diálogos de la gente cercana a Alice: su difunta familia, el psiquiatra que llevó su caso durante su estancia en el psiquiátrico, la enfermera de dicho psiquiátrico, el abogado que va tras su herencia, su antigua profesora particular convertida en prostituta y el doctor Bumby. A través de su viaje por el país de las maravillas, Alice también irá recordando más detalles del incendio y de como se inició.
La idea original de esta versión oscura de Alicia en el país de las maravillas, secuela de American McGee’s Alice es de American McGee, el director creativo sénior y la historia de R.J. Berg, director a cargo de la producción. El director de arte es Kenneth Wong. El compositor de la banda sonora es Chris Vrenna y el del tema principal es Marshall Crutcher.
